Nuove iniziative aiuteranno gli scienziati a confrontare i dati più agevolmente
Grazie alle iniziative di due équipe internazionali di ricercatori, gli scienziati di tutto il mondo saranno presto in grado di condividere e confrontare più agevolmente dati molecolari dettagliati. Sulla rivista «Nature Biotechnology», le équipe illustrano le linee guida relative alle informazioni che i ricercatori dovrebbero fornire nel momento in cui presentano relazioni riguardanti le interazioni molecolari (MIMIx - informazioni minime necessarie per una relazione riguardanti esperimenti sulle interazioni molecolari) e la proteomica (MIAPE - informazioni minime riguardanti esperimenti di proteonica). In tali settori sono state condotte molte ricerche. Tuttavia, i dati vengono spesso riportati in formati diversi o semplicemente come testi liberi. Inoltre, molte relazioni non contengono le informazioni necessarie ad altri ricercatori per poter comprendere appieno l'esperimento e troppo spesso non tutte le molecole sono state identificate chiaramente. «L'assenza di parti fondamentali delle informazioni può comportare un'errata interpretazione del documento da parte degli scienziati e un dispendio di tempo nonché un errore per l'équipe che si occupa della banca dati nel tentativo di ricavare le informazioni mancanti» scrive l'équipe di MIMIx. Le nuove linee guida sono state redatte consultando la comunità scientifica e nel loro sviluppo sono stati tenuti presenti due criteri fondamentali: si voleva, da un lato, che gli scienziati fornissero ad altri studiosi informazioni sufficienti al fine di poter capire e interpretare pienamente i dati, evitando, dall'altro, che le procedure fossero talmente gravose da indurre gli scienziati a non usarle. «Grazie all'adozione da parte dell'intera comunità di requisiti minimi concordati in materia di informazione, tutti possiamo trarre vantaggio da una più agevole individuazione e dall'utilizzo delle informazioni più pertinenti al nostro specifico ambito di lavoro», ha osservato Henning Hermjakob dell'Istituto europeo di bioinformatica presso il Laboratorio europeo di biologia molecolare, uno degli autori di entrambi i documenti. «Questo sarà il passo successivo al fine di offrire archivi di dati ad accesso libero della più elevata qualità possibile». Le linee guida MIAPE contengono una serie di moduli relativi a tecnologie specifiche o a gruppi di tecnologie. MIMIx è il primo modulo di MIAPE portato a termine e pubblicato; una domanda di pubblicazione è stata presentata per altri moduli. Tra gli altri dati, le linee guida MIMIx relative alle interazioni molecolari richiedono informazioni riguardo ai metodi sperimentali, alle denominazioni di tutte le molecole coinvolte nell'interazione e delle loro specie di origine, nonché al ruolo biologico delle molecole nell'interazione. Infine, i ricercatori rilevano che l'utilizzo di requisiti minimi di informazione andrà a beneficio di tutta una serie di parti interessate. «L'adesione a tali linee guida per le informazioni consentirà di rendere maggiormente chiare e utili le pubblicazioni per la comunità scientifica e contribuirà a un più rapido e sistematico reperimento di dati nelle banche dati pubbliche, migliorando così l'accesso alle informazioni importanti relative alle interazioni», scrive l'équipe di MIMIx. Secondo l'équipe di MIAPE, tali requisiti semplificheranno la condivisione dei dati con i collaboratori, eviteranno il rischio di una perdita di informazioni dovuta al cambio di personale e favoriranno la valutazione di risultati eventualmente prodotti in precedenza. «In un'epoca di esperimenti su scala genomica e proteomica, se vogliamo valorizzare al massimo le nostre attività, appare evidente la necessità di standardizzare il contenuto delle relazioni sugli esperimenti biologici», conclude l'équipe di MIAPE. «Ci auguriamo che questo documento e i moduli a esso allegati possano cominciare a soddisfare queste esigenze dei ricercatori nel campo della proteomica e la comunità di proteomica in generale, accrescendo il valore dei singoli progetti di lavoro e dei diversi corpus generali ai quali contribuiscono in molti».