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FP7

SOUPINMYCRYSTAL Résultat en bref

Project ID: 330033
Financé au titre de: FP7-PEOPLE
Pays: Royaume-Uni

Améliorer la modélisation de la cristallographie par rayons X

La cristallographie par rayons X est la norme pour déterminer la structure des molécules. Le fait d'améliorer sa résolution faciliterait la génération de modèles plus exacts.
Améliorer la modélisation de la cristallographie par rayons X
En matière de détermination de structure par rayons X, le facteur R indique dans quelle mesure un modèle est en accord avec les données expérimentales. Plus il est faible, plus le modèle est cohérent avec les observations.

Pour les macromolécules biologiques, on n'a guère que des facteurs R élevés, il faut donc générer des modèles plus exacts de la structure du cristal de la macromolécule. Le projet SOUPINMYCRYSTAL (How can we improve our models of biological macromolecules to reproduce experimental crystallographic X-ray intensities better?), financé par l'UE, a été lancé dans ce but.

La détermination de la structure de la molécule s'appuie sur la diffraction dans de nombreuses directions particulières des rayons X par les atomes disposés en un réseau cristallin. En mesurant l'angle et l'intensité de chaque faisceau diffracté, les scientifiques génèrent une vue en trois dimensions de la densité des électrons dans le cristal, et un modèle de la molécule cristallisée. Cependant, les cristaux macromoléculaires contiennent de vastes régions de solvant désordonné, une sorte de soupe d'ions, de tampons et d'eau, qui participent à la diffraction et réduisent l'exactitude du modèle.

Les chercheurs ont commencé par vérifier que la détermination de la structure n'était pas affectée par le détecteur servant à enregistrer les données des rayons X, ni par le programme servant à affiner le modèle. Par contre, le solvant pour les cristaux macromoléculaires était la cause d'une diffusion notable, et la modélisation de ce comportement a permis d'améliorer de 4 % le facteur R. Le consortium a aussi exploré d'autres indicateurs de qualité que le facteur R, moins dépendant des propriétés d'ensemble du cristal.

Les travaux du projet SOUPINMYCRYSTAL devraient conduire à de meilleurs modèles de macromolécules, avec des conclusions biologiques plus fiables. En particulier, la détermination de la structure des protéines de membrane et de gros complexes macromoléculaires ne sera plus contrariée par des données à faible résolution.

Informations connexes

Mots-clés

Cristallographie par rayons X, modèle, structure, facteur R, macromolécule, solvant
Numéro d'enregistrement: 182695 / Dernière mise à jour le: 2016-05-18
Domaine: Technologies industrielles