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FP7

SOUPINMYCRYSTAL Risultato in breve

Project ID: 330033
Finanziato nell'ambito di: FP7-PEOPLE
Paese: Regno Unito

Miglioramento della modellizzazione relativa alla cristallografia a raggi X

La cristallografia a raggi X è il gold standard per la determinazione della struttura molecolare. Il miglioramento della risoluzione di tale tecnica dovrebbe contribuire a generare modelli più accurati.
Miglioramento della modellizzazione relativa alla cristallografia a raggi X
Nella determinazione della struttura dei raggi X, il fattore R indica quanto bene un dato modello concorda con i dati sperimentali. Più bassa è la percentuale e più consistente è il modello con i dati osservati.

Quando si tratta di macromolecole biologiche, i fattori R sono alti, evidenziando la necessità di una produzione di modelli accurati in relazione alla struttura macromolecolare cristallina. Per risolvere questo problema, è stato avviato il progetto SOUPINMYCRYSTAL (How can we improve our models of biological macromolecules to reproduce experimental crystallographic X-ray intensities better?), finanziato dall’UE.

La determinazione della struttura deriva dalla diffrazione dei raggi X relativa agli atomi cristallini, in molte direzioni specifiche. Misurando gli angoli e l’intensità di questi fasci diffratti, gli scienziati ottengono un’immagine tridimensionale della densità relativa agli elettroni all’interno del cristallo e riproducono un modello della molecola cristallizzata. Tuttavia, i cristalli macromolecolari contengono grandi regioni di solvente disordinate: un miscuglio di ioni, buffer e acqua. Tutti questi fattori contribuiscono all’intensità dei riflessi misurati e all’ottenimento di un modello meno accurato.

In primo luogo, i ricercatori hanno verificato che né il rivelatore utilizzato per registrare i dati a raggi X, né il programma specifico utilizzato per raffinare il modello abbiano interessato la determinazione della struttura. Tuttavia, il solvente dei cristalli macromolecolari ha generato una significativa dispersione, e la modellizzazione di questo comportamento ha prodotto miglioramenti nel fattore R fino al 4 %. Inoltre, il consorzio ha analizzato gli indicatori di qualità alternativi al fattore R che sono meno dipendenti dalla proprietà complessiva del cristallo.

Collettivamente, le attività del progetto SOUPINMYCRYSTAL sono tenute a produrre modelli migliori a livello di macromolecola e conclusioni biologiche più affidabili. In particolare, la determinazione della struttura delle proteine di membrana e dei grandi complessi macromolecolari non sarà ostacolata da dati con bassa risoluzione.

Informazioni correlate

Keywords

Cristallografia a raggi X, modello, struttura, fattore R, macromolecola, solvente
Numero di registrazione: 182695 / Ultimo aggiornamento: 2016-05-18
Dominio: Tecnologie industriali