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La diversité des protéines qui interagissent dans le diabète de type 2

Le diabète de type 2 est un problème de santé mondial. Les chercheurs de l'UE cherchent notamment à profiter de la richesse des données disponibles provenant des études d'association à l'échelle du génome.
La diversité des protéines qui interagissent dans le diabète de type 2
L'analyse génomique a montré environ 100 loci associés au diabète de type 2. Par ailleurs, les preuves montrent que ces composants génétiques influencent la transcription et non la fonction génique.

Pour maximiser les applications dans un environnement clinique, le projet T2DCREBBP (Defining the molecular basis of type 2 diabetes predisposition through targeted sequencing of the CREBBP-interacting gene network) a développé de nouvelles méthodes d'analyse. Elles ont permis d'identifier et de donner la priorité à de nouveaux loci de prédisposition au diabète de type 2.

Les chercheurs du projet ont appliqué une série d'analyse du réseau pour évaluer le lien entre l'association du diabète de type 2 et les réseaux d'interaction protéine-protéine connecté aux gènes. Les divers ensembles étudiés ont contribué à un total de plus de 70 000 cas et ont inclus des données sur les exomes et de séquençage d'exome ainsi des études d'association du génome et des données personnalisées du génotype.

Les résultats de l'analyse ont montré que de nombreux complexes de protéines sont enrichis dans les cas de diabète de type 2. Ces réseaux présentent des protéines liées à la fonction respiratoire et à la régulation de la sécrétion d'insuline. La découverte d'une protéine liée à l'activation du récepteur d'insuline dans le tissu adipeux est très importante. Elle fournit un lien entre le tissu adipeux et le diabète de type 2, et un document sur le sujet est en cours de révision à la revue Nature.

Au total, les chercheurs ont séquencé environ 55 000 exomes, ce qui en fait un des ensembles de données sur les exomes le plus vaste à disposition. L'analyse conjointe permettra de tester davantage le chevauchement entre la variation dans la séquence de codage et d'augmenter l'interaction protéine-protéine et l'évaluation du rapport entre l'agrégation rare de signaux de variantes et la pathogenèse.

En augmentant le potentiel de prévision des réseaux innovants, l'équipe de T2DCREBBP a mis au point un cadre plus détaillé d'analyse de l'interaction entre protéines. Par ailleurs, la méthodologie est applicable à d'autres maladies complexes. Les travaux du projet ont considérablement enrichi la base de connaissances sur le diabète de type 2, une maladie qui présente un fardeau social et économique important dans l'UE.

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Mots-clés

Diabète de type 2, T2D, T2DCREBBP, interaction protéine-protéine, exome, insuline, maladies complexes