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Nuevas herramientas para la identificación de la microbiota

Sin lugar a dudas, la microbiota intestinal es clave para la salud humana. La capacidad para identificar bacterias y parásitos en distintos tipos de muestras humanas tiene una gran importancia a fin de esclarecer el papel de la microbiota en la salud y la enfermedad.
Nuevas herramientas para la identificación de la microbiota
Numerosos indicios señalan que la alteración de la microbiota intestinal está relacionada con enfermedades intestinales y otras patologías como el síndrome metabólico, la enfermedad del hígado graso no alcohólico y la diabetes. La identificación de la diversidad de la microflora intestinal se ha basado tradicionalmente en el uso de una técnica que permite detectar el ADN ribosomal 16S. Este gen está presente en todos los organismos vivos y se ha empleado para diferenciar entre distintos taxones. Sin embargo, este método no se ha evaluado clínicamente ni se ha probado para diferenciar entre especies de levaduras y parásitos.

El objetivo del proyecto financiado por la Unión Europea GUT18S (Comprehensive molecular analysis and differentiation of the eukaryotic microbiota in faecal samples from human cohorts to establish the role of intestinal eukaryotes in health and disease) era desarrollar herramientas basadas en ADN para detectar e identificar de manera precisa organismos procariotas y eucariotas en muestras humanas. Para tal fin, los investigadores desarrollaron una herramienta de diagnóstico estandarizada con una sensibilidad y resolución sin precedentes y muy versátil.

Esta herramienta se basa en la identificación del ADN ribosomal 18S, empleando primero la reacción en cadena de la polimerasa y, seguidamente, la secuenciación de nueva generación. Este método evita la amplificación de ADN humano y, de esta manera, pude detectarse ADN eucariota de parásitos capaces de colonizar el intestino humano durante años sin causar ningún síntoma. El análisis de los datos se llevó a cabo empleando el programa informático BION, una herramienta bioinformática avanzada.

Empleando estas herramientas, los investigadores descubrieron que determinados parásitos unicelulares intestinales, como Blastocystis y Dientamoeba, son comunes en personas sanas. Aunque se desconoce su importancia para la salud, se descubrió que la prevalencia de la colonización por Blastocystis era significativamente mayor en individuos sanos en comparación con pacientes con enfermedad inflamatoria intestinal o síndrome del colon irritable. Es más, se observó que la presencia de Blastocystis estaba relacionada con determinadas comunidades microbianas.

El método de GUT18S se incorporó a laboratorios de microbiología clínica como un nuevo servicio diagnóstico, facilitando la detección e identificación precisas de bacterias, hongos y parásitos en muestras de pacientes. Los socios prevén que el servicio adquirirá rápidamente una gran popularidad, convirtiéndose en una herramienta indispensable a la hora de desarrollar perfiles de microbiota intestinal.

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Palabras clave

Microbiota, parásitos, GUT18S, ADN ribosomal 18S, Blastocystis
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