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FP6

ATD — Ergebnis in Kürze

Project ID: 503329
Gefördert unter: FP6-LIFESCIHEALTH
Land: Frankreich

Datenbank zu alternativen Transkripten

Europäische Forscher erstellten eine vollständige Genomdatenbank zu alternativen mRNA-Transkripten. Sie soll künftige Forschungen erleichtern, indem sie den Zusammenhang zwischen mRNA-Isoformen und Krankheiten herstellt.
Datenbank zu alternativen Transkripten
Das Umschreiben genomischer DNA in reife mRNA ist ein auf verschiedenen Ebenen streng kontrollierter Prozess (Transkriptionsbeginn, Splicing und Polyadenylierung). Damit stehen verschiedenste Varianten von mRNA-Isoformen des gleichen Gens zur Verfügung, die im Hinblick auf Initiationsstelle, Exone und untranslatierte Regionen differieren.

Diese mRNA-Isoformen sind gewebs- oder entwicklungsphasenspezifisch. Wird ihre Expression unterbrochen, entstehen oft Krankheiten wie Krebs oder multiple Sklerose. Alternative Transkripte (AT) haben damit eine wichtige Bedeutung für das Design neuer Wirkstoffe und gezielter Therapien. Um vorhandene Daten über AT in einer Datenbank zusammenzuführen, wurde die EU-Initiative ATD (The alternate transcript diversity project) ins Leben gerufen.

Die Datenbank ASTD (Alternative Splicing and Transcript Diversity) ist eine der weltweit umfangreichsten Datenquellen zu alternativen Transkripten. Abrufbar ist sie auf der Webseite des Europäischen Bioinformatik-Instituts (EBI) (http://www.ebi.ac.uk/astd/). In ihr sind Daten zu alternativen Transkripten bei Menschen, Mäusen und Ratten zusammengeführt.

Vor allem die nutzerfreundliche ASTD-Schnittstelle ermöglicht ein einfaches Abrufen und erleichtert die Verbreitung der Informationen. Das alternative Transkriptom kann entlang verschiedener Pfade abgerufen werden. Bei der Lokalisierung von AT werden detaillierte Daten zu Gen-Isoformen und –expression präsentiert. Weiterhin können alternative Transkripte über den ASTD-Server mit spezifischen Gewebearten oder Krankheiten assoziiert werden.

ATD widmete sich insbesondere der experimentellen Validierung von mehr als 500 rechnerisch ermittelten Transkripten bei Mensch und Maus. Humane Transkripte wurden nach ihrer wahrscheinlichen Expression in Krebszellen und entsprechenden Screening-Methoden ausgewählt, bei 73 AT wurde eine krebsspezifische Expression bestätigt.

Insgesamt entwickelte ATD verschiedene Methoden und Werkzeuge für die Ermittlung und Analyse von AT. Die ATD-Datenbank ist ein ausgezeichnetes Werkzeug, um Variationen in der Genexpression mit physiologischen und pathologischen Situationen in Zusammenhang zu bringen.

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Fachgebiete

Life Sciences
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