Wspólnotowy Serwis Informacyjny Badan i Rozwoju - CORDIS

FP6

ATD — Wynik w skrócie

Project ID: 503329
Źródło dofinansowania: FP6-LIFESCIHEALTH
Kraj: Francja

Integracja informacji o alternatywnych transkryptach

Europejscy naukowcy stworzyli bazę danych genomicznych zawierającą pełne informacje na temat alternatywnych transkryptów mRNA. Zasoby te pomogą przy prowadzeniu przyszłych badań mających na celu powiązanie izoformów mRNA ze stanem chorobowym.
Integracja informacji o alternatywnych transkryptach
Wytwarzanie dojrzałego mRNA z genomicznego DNA jest procesem wymagającym ścisłej kontroli i regulacji na różnych etapach (inicjacja transkrypcji, splicing i poliadenylacja). Pozwala ono uzyskać inherentne warianty izoformów mRNA z tego samego genu, różniących się miejscem inicjacji, eksonami i regionem niepoddanym translacji.

Otrzymane izoformy mRNA są swoiste dla tkanki lub etapu rozwojowego, a zakłócenie ich ekspresji często powoduje choroby, takie jak rak czy stwardnienie rozsiane. Tego rodzaju transkrypty alternatywne (AT) mają duże znaczenie dla projektowania nowych leków i prowadzenia terapii celowanych. Zebranie istniejących informacji na temat AT w ramach jednej bazy danych było celem finansowanej ze środków UE inicjatywy "Projekt na rzecz różnorodności transkryptów alternatywnych" (ATD).

Partnerzy projektu stworzyli jeden z najlepszych zasobów dotyczących transkryptów alternatywnych na świecie: bazę danych ASTD (Alternative Splicing and Transcript Diversity), mieszczącą się na stronie internetowej Europejskiego Instytutu Bioinformatyki (EBI) (http://www.ebi.ac.uk/astd/). Baza zawiera dane transkryptów alternatywnych człowieka, myszy i szczura.

Ważnym osiągnięciem projektu było stworzenie przyjaznego dla użytkownika interfejsu przeszukiwania ASTD, ułatwiającego powszechne korzystanie z bazy. Interfejs umożliwia naukowcom wyszukiwanie transkryptów alternatywnych według różnych kryteriów. Użytkownicy mogą określać lokalizację transkryptów, wyświetlając szczegółowe informacje dotyczące izoformów i ekspresji genów. Serwer ASTD pozwala ponadto na kojarzenie AT z konkretnymi tkankami i schorzeniami.

Uczestnicy projektu ATD zajmowali się także doświadczalnym testowaniem ponad 500 potencjalnych transkryptów ludzi i myszy. Wyselekcjonowano transkrypty ludzkie pod kątem ewentualnej ekspresji w komórkach rakowych oraz, na drodze badań przesiewowych, zidentyfikowano 73 AT o potwierdzonej ekspresji swoistej dla nowotworu.

Podsumowując, w ramach projektu ATD stworzono szereg narzędzi i metod pozwalających identyfikować i analizować AT. Baza danych ATD ma ogromny potencjał w zakresie określania powiązań między odmianami ekspresji genów a stanami fizjologicznymi i patologicznymi.

Powiązane informacje

Tematy

Life Sciences
Śledź nas na: RSS Facebook Twitter YouTube Zarządzany przez Urząd Publikacji UE W górę