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FP6

DIAMONDS — Risultato in breve

Project ID: 512143
Finanziato nell'ambito di: FP6-LIFESCIHEALTH
Paese: Belgio

Un'ontologia per il ciclo cellulare

La quantità di conoscenza da accumulare sulla biochimica coinvolta nel ciclo cellulare è troppo grande da gestire con i metodi tradizionali. La ricerca europea è stata applicata allo sviluppo di un modello di base del processo utilizzando un nuovo approccio integrato.
Un'ontologia per il ciclo cellulare
Utilizzando un approccio di sistema, il progetto Diamonds ("Dedicated integration and modelling of novel data and prior knowledge to enable systems biology") ha studiato uno dei processi più importanti nel campo della biologia, ossia il ciclo cellulare. La corretta regolazione è fondamentale per la sopravvivenza delle cellule e la ripartizione degli elementi di infime dimensioni è causa di numerose malattie, tra cui il cancro.

I ricercatori del progetto Diamond hanno studiato il ciclo cellulare nell'uomo e nell'Arabadopsis così come i lieviti dei prodotti da forno e di fissione con metodi di laboratorio in ambiente umido. Per simulare il modo in cui il ciclo cellulare varia in condizioni diverse, è stata sviluppata una piattaforma integrata incorporando l'estrazione dei dati, la modellazione e la simulazione.

L'obiettivo centrale dell'iniziativa finanziata dall'UE è stato lo sviluppo di un modello di base e l'utilizzo dello stesso per elaborare altri esperimenti, i cui dati sarebbero utilizzati per sviluppare un modello più raffinato. Utilizzando quattro organismi modello diversi è stato possibile identificare le differenze di percorso trasversali tra le varie specie e integrare la genomica comparativa nel sistema.

Gli scienziati hanno stabilito con successo un modello di ciclo cellulare nelle quattro specie diverse. Inizialmente, i dati per la definizione del profilo hanno coinvolto i dati di trascrizione e di proteomica. Il team ha altresì sviluppato uno strumento di simulazione per consentire agli utenti di accedere al ciclo di ontologia della conoscenza di base delle cellule.

Per il futuro, il modello si evolverà confrontando ripetizioni di modellazione dei dati, la sperimentazione successiva e l'aggiornamento dei modelli. Il ciclo cellulare è un processo fondamentale conservato in tutte le specie e ha rilevanza nella produzione alimentare e nella bioenergia, nonché nei prodotti farmaceutici derivati da fonti biologiche.

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