Wspólnotowy Serwis Informacyjny Badan i Rozwoju - CORDIS

FP7

METAHIT — Wynik w skrócie

Project ID: 201052
Źródło dofinansowania: FP7-HEALTH
Kraj: Francja

Poznać od podszewki ludzki przewód pokarmowy

Nieswoiste zapalenia jelit (IBD) (np. wrzodziejące zapalenie jelita grubego (UC) czy choroba Crohna (CD)) oraz otyłość stanowią coraz większy problem dla publicznej ochrony zdrowia. Uczestnicy finansowanego ze środków UE projektu METAHIT skatalogowali i ocenili geny bakterii bytujących w ludzkich jelitach, aby umożliwić odróżnienie organizmu zdrowego i chorego.
Poznać od podszewki ludzki przewód pokarmowy
Badacze uczestniczący w projekcie METAHIT ("Metagenomics of the human intestinal tract") stworzyli obszerny katalog referencyjny genów bakterii obecnych w ludzkich jelitach. Zsekwencjonowano 540 giga par zasad bakteryjnego DNA i porównano je z 124 próbkami kału, pobranymi od osób zdrowych oraz cierpiących na IBD lub otyłość.

Geny skatalogowano oraz zmierzono ich częstotliwość i ekspresję z uwzględnieniem wariacji w florze bakteryjnej jelit człowieka. Ważnym przełomem było odkrycie, że u ludzi występują trzy różne enterotypy o różnych poziomach bakterii Bacteroides, Prevotella i Ruminococcus. Enterotypy te są swoiste dla poszczególnych osób, bez korelacji z wiekiem, płcią, pokarmem, położeniem geograficznym czy dziedzicznością genetyczną. Utworzono bazę danych umożliwiającą magazynowanie i porządkowanie informacji uzyskanych w trakcie realizacji projektu, jak i poza jego ramami.

Uczestnicy projektu METAHIT opracowali narzędzia umożliwiające tworzenie profili liczebności genów metagenomu jelit oraz rozpoznawanie osób zdrowych, chorych i o wysokim ryzyku zachorowania. Przeprowadzono prace związane z badaniem funkcji genów bakteryjnych i poznaniem interakcji między bakterią i nosicielem. Bioinformatyczne badanie porównawcze genów bakterii bytujących w organizmach pacjentów z UC, pacjentach otyłych oraz ludzi zdrowych i szczupłych wskazują na istnienie różnic w rodzajach i składzie flory bakteryjnej. Potrzebne są dalsze badania, aby potwierdzić otrzymane wyniki.

Naukowcy biorący udział w projekcie METAHIT stwierdzili istnienie podsieci zależności między pewnymi jednostkami metagenomicznymi (MGU) oraz rodzajami metagenomicznymi (MGS), które mogą być powiązane genetycznie z chorobami.

Wcześniejsze badania sugerowały, że tendencje do otyłości mogą częściowo wynikać z cech dziedziczonych genetycznie. Na podstawie ilościowej analizy metagenomicznej przeprowadzonej na 292 Duńczykach stwierdzono, że genom bakteryjny może odgrywać pewną rolę w otyłości.

Rozmieszczenie enterotypów różniło się znacznie u osób o niskiej liczebności genów (LGC) oraz o wysokiej liczebności genów (HGC). W większości przypadków LGC stwierdzono enterotyp 1 oparty na Bacteroides, natomiast większy odsetek osób z HGC miał enterotyp 3.

Aby ocenić różnice między społecznościami bakterii, przeprowadzono referencyjne mapowanie genomu z uwzględnieniem danych ilości genów na poziomie typu, rodzaju i gatunku.U osób z HGC stwierdzono większe ilości gatunków przeciwzapalnych, takich jak Faecalibacterium prausnitzii czy Roseburia inulinivorans. U pacjentów z LGC otrzymano wyższy poziom Bacteroides i Rumnicoccus gnavus, które są prozapalne i kojarzone z IBD.

Badanie Decisive-Bacterial-Abundance, analiza cech odbiorca-operator (ROC) oraz badanie wartości pod krzywymi pozwoliły na rozróżnienie różnych gatunków bakterii u osób z LGC i HGC. U osób z LGC stwierdzono wyższy poziom tkanki tłuszczowej i większe ryzyko wystąpienia stanu przedcukrzycowego, cukrzycy typu 2 oraz niedokrwiennych schorzeń układu naczyniowego.

Aby dokonać klasyfikacji enterotypów oraz rozróżnić osoby szczupłe od otyłych i cierpiących na inne schorzenia w oparciu o różne profile ryzyka metabolicznego, wykorzystano czułą technologię Q-PCR do ilościowej analizy metagenomicznej flory bakteryjnej jelit,. Metody te mają potencjał rynkowy w zakresie medycyny spersonalizowanej wykorzystującej klasyfikację i analizy flory bakteryjnej.

Wyniki projektu rozpowszechniano za pośrednictwem publikacji, stron internetowych, serwisów YouTube, Facebook i Twitter oraz konferencji, aby zwiększyć świadomość społeczną i przyciągnąć inwestorów. Pomyślna realizacja projektu może zaowocować komercyjnym opracowaniem nowych technologii diagnostyki i leczenia IBD, otyłości i zaburzeń metabolicznych.

Powiązane informacje

Śledź nas na: RSS Facebook Twitter YouTube Zarządzany przez Urząd Publikacji UE W górę