CORDIS
Wyniki badań wspieranych przez UE

CORDIS

Polski PL

Wiadomości

Polski PL

Geny naśladują Facebooka

Geny interferują ze sobą dokładnie w taki sam sposób, w jaki sieć społecznościowa Facebook sugeruje przyjaciół - jak mówią wyniki badań opublikowane w internetowym wydaniu czasopisma Nature Methods. Badania zostały częściowo dofinansowane z projektu CANCERPATHWAYS (Rozwojowe ś...

Geny interferują ze sobą dokładnie w taki sam sposób, w jaki sieć społecznościowa Facebook sugeruje przyjaciół - jak mówią wyniki badań opublikowane w internetowym wydaniu czasopisma Nature Methods. Badania zostały częściowo dofinansowane z projektu CANCERPATHWAYS (Rozwojowe ścieżki molekularne Drosophila jako model nowotworów człowieka), który otrzymał 3 mln EUR z tematu "Zdrowie" Siódmego Programu Ramowego (7PR) UE. Projekt CANCERPATHWAYS gromadzi ekspertów z Austrii, Hiszpanii, Niemiec, Węgier i Wlk. Brytanii. Naukowcy z Europejskiego Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL) i Niemieckiego Ośrodka Badań Onkologicznych (DKFZ) w Heidelbergu, Niemcy, opracowali metodę odkrywania połączonego oddziaływania genów. Metoda powinna pomóc naukowcom poznać sposób, w jaki różne geny mogą wzajemnie wzmacniać, niwelować lub maskować swoje oddziaływanie. Jeżeli dwie osoby mają wielu wspólnych przyjaciół na portalu Facebook, to istnieje prawdopodobieństwo, że się znają, nawet jeżeli na Facebooku nie są przyjaciółmi - zauważają kierownicy naukowi Wolfgang Huber z EMBL i Michael Boutros z DKFZ. W ten sam sposób, jak twierdzą, istnieje prawdopodobieństwo, że geny o podobnych profilach interakcji genetycznej wpływają na swoje wzajemne oddziaływanie. Zdaniem dr Hubera i profesora Boutrosa, wykorzystując tę nową metodę naukowcy mogą teraz sugerować takich "przyjaciół", a mianowicie geny, które prawdopodobnie będą oddziaływać na te same procesy komórkowe. W perspektywie długofalowej może to pomóc w przewidywaniu wyników pacjenta i dostosowywaniu metod leczenia chorób takich jak nowotwory - twierdzi zespół badawczy. Aby zrozumieć powiązania między garniturem genetycznym a cechami, takimi jak podatność na choroby, naukowcy często sięgają do badań asocjacyjnych całego genomu, w ramach których porównują warianty genetyczne ludzi cierpiących na konkretną chorobę z osobami zdrowymi. Tego typu badania powiązały wiele genów z chorobami, niemniej te powiązania były często słabe i niejednoznaczne, prawdopodobnie dlatego, że pojedyncze geny często nie działają samodzielnie - mówią naukowcy. Oddziaływanie konkretnego genu może być uzależnione od tego, jakie inne geny posiada dana osoba, a nowa metoda opracowana przez dr Hubera i profesora Boutrosa z DKFZ umożliwia naukowcom odkrycie i zmierzenie tego wspólnego oddziaływania. Jak czytamy w artykule opublikowanym w czasopiśmie Nature Methods, "analiza sieci syntetycznych interakcji genetycznych może ujawnić, w jaki sposób systemy biologiczne osiągają wysoki poziom złożoności przy ograniczonym repertuarze komponentów. W ramach badań drożdży i bakterii wykorzystano zbiory szczepów z delecjami, aby zbudować matryce ilościowych profili interakcji i wywnioskować funkcję genu. Niemniej podejścia porównawcze w przypadku wyższych organizmów okazały się trudne do wykonania w sposób jednoznaczny". W ramach nowych badań naukowcy wybrali zestaw genów istotnych ze względu na przekazywanie sygnałów w komórce i wyciszali je - po dwa jednocześnie - za pomocą techniki zwanej interferencja RNA (RNAi), po czym porównywali skutek do tego co dzieje się, kiedy tylko jeden członek pary zostaje wyciszony. Dzięki temu byli w stanie zidentyfikować nowy komponent w procesie przekazywania sygnałów w komórce, znanym jako ścieżka Ras, który bierze udział w proliferacji komórkowej i o którym wiadomo, że nie przebiega prawidłowo w komórkach nowotworowych. "Poddaliśmy tutaj ocenie połączone fenotypy wszystkich parowanych terapii RNAi w ramach ośmiu niezależnych pomiarów, w tym wszystkie możliwe kombinacje dwóch odczynników RNAi dla obydwu docelowych genów" - wyjaśniają naukowcy w artykule. "Zaproponowano różne definicje matematyczne interakcji genetycznych. Przyjęliśmy najpowszechniej stosowane podejście - odchylenie od multiplikatywności." Naukowcy stwierdzili, że to podejście "umożliwiło zidentyfikowanie rzadkich sieci genów wchodzących ze sobą w interakcje znacząco wzbogaconych w znanych parach wzajemnego oddziaływania, wskazując że model nadaje się do wnioskowania o biologicznie znaczących interakcjach na podstawie zaobserwowanych cech fenotypowych". Naukowcy stwierdzili, że "solidny projekt doświadczalny i rygorystyczna analiza statystyczna zapewniają ramy dla badań w innym systemie modelowym, np. komórek człowieka".Więcej informacji: Europejskie Laboratorium Biologii Molekularnej (EMBL): http://www.embl.de/ Nature Methods: http://www.nature.com/nmeth/index.html

Kraje

Austria, Niemcy, Hiszpania, Węgry