Descripción del proyecto
Seguimiento de una célula madre en su viaje para convertirse en una neurona
El proyecto Human Genome Project identificó todos los genes presentes en el genoma humano, proporcionando así una lista de los componentes esenciales que nos hacen humanos. Sin embargo, la forma en que se combinan estos componentes (qué genes se expresan, cuándo y en qué células) es fundamental para identificar las funciones y es especialmente importante en la diferenciación de las células madre. El proyecto SCAPA, financiado con fondos europeos, prevé añadir su pieza al rompecabezas, arrojando luz sobre la expresión génica durante la diferenciación de las células neuronales. Los científicos están utilizando métodos de alta tecnología para seguir una ruta conocida que controla la expresión génica, la poliadenilación alternativa, que puede afectar a la disponibilidad de los sitios de unión del ARN. Los análisis podrían señalar dianas moleculares que controlan la expresión génica durante el desarrollo neuronal, lo que tendría un potencial fantástico para nuevas terapias.
Objetivo
Understanding how stem cells differentiate into the myriad of cell types that compose an organism is a fundamental question in biomedical sciences. The recent development of single-cell transcriptomic techniques has already allowed the study of the cell composition of organs and tissues, developmental stages, and even whole adult organisms. Yet, in most cases, these studies are primarily descriptive and often provide little insight into the mechanisms regulating gene expression during cell differentiation.
Here, I propose to study the role of alternative polyadenylation (APA) and associated RNA binding proteins (RBPs) in neuronal differentiation. For this purpose, I will: (i) develop new computational tools to detect and quantify APA events from single-cell transcriptomics data; and (ii) perform a single-cell-based functional CRISPR screen. The results obtained from this study will provide an in depth analysis of the changes in gene expression and APA during neuronal differentiation at a single cell resolution and identify dozens of APA targets specifically associated with individual RBPs.
Together, this study will provide a solid molecular knowledge of the role of APA in neural differentiation, enabling the development of new personalized medicine therapies, which is in compliance with the Horizon H2020 Health demographic change and wellbeing programme.
Ámbito científico
- social sciencessociologydemography
- medical and health sciencesmedical biotechnologycells technologiesstem cells
- medical and health scienceshealth sciencespersonalized medicine
- natural sciencesmathematicspure mathematicsmathematical analysisfunctional analysis
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsRNA
Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinador
08003 Barcelona
España