Opis projektu
Śledzenie drogi komórki macierzystej do stania się neuronem
W ramach projektu Human Genome rozpoznano wszystkie geny wchodzące w skład ludzkiego genomu, tworząc listę elementów budulcowych organizmu człowieka. Jednak znalezienie odpowiedzi na pytania, jak te elementy są połączone, które geny podlegają ekspresji, kiedy i w jakich komórkach do niej dochodzi, jest istotne do określenia ich funkcji oraz jest szczególnie ważne podczas różnicowania komórek macierzystych. Zakłada się, że projekt SCAPA, finansowany z funduszy UE, wspomoże badania, rzucając nowe światło na ekspresję genów podczas różnicowania komórek neuronowych. Naukowcy wykorzystują metody bazujące na zaawansowanych technologiach do śledzenia dobrze znanego procesu ekspresji genów, alternatywnej poliadenylacji, która może wpływać na dostępność miejsc wiązania RNA. W wyniku analizy możliwe będzie wskazanie celów molekularnych regulujących ekspresję genów podczas powstawania neuronu, co może mieć spory potencjał dla nowych metod leczenia.
Cel
Understanding how stem cells differentiate into the myriad of cell types that compose an organism is a fundamental question in biomedical sciences. The recent development of single-cell transcriptomic techniques has already allowed the study of the cell composition of organs and tissues, developmental stages, and even whole adult organisms. Yet, in most cases, these studies are primarily descriptive and often provide little insight into the mechanisms regulating gene expression during cell differentiation.
Here, I propose to study the role of alternative polyadenylation (APA) and associated RNA binding proteins (RBPs) in neuronal differentiation. For this purpose, I will: (i) develop new computational tools to detect and quantify APA events from single-cell transcriptomics data; and (ii) perform a single-cell-based functional CRISPR screen. The results obtained from this study will provide an in depth analysis of the changes in gene expression and APA during neuronal differentiation at a single cell resolution and identify dozens of APA targets specifically associated with individual RBPs.
Together, this study will provide a solid molecular knowledge of the role of APA in neural differentiation, enabling the development of new personalized medicine therapies, which is in compliance with the Horizon H2020 Health demographic change and wellbeing programme.
Dziedzina nauki
- social sciencessociologydemography
- medical and health sciencesmedical biotechnologycells technologiesstem cells
- medical and health scienceshealth sciencespersonalized medicine
- natural sciencesmathematicspure mathematicsmathematical analysisfunctional analysis
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsRNA
Słowa kluczowe
Program(-y)
Temat(-y)
System finansowania
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Koordynator
08003 Barcelona
Hiszpania