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HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine - PerMedCoE

Description du projet

Des calculs à haute performance pour traiter la maladie au niveau individuel

Formuler des traitements sur mesure pour les patients, de manière à fournir une approche thérapeutique aussi individualisée que l’est la maladie, est une question qui se trouve au cœur de la médecine personnalisée, une discipline qui combine des informations cliniques et omiques. Ce domaine a cependant encore un long chemin à parcourir avant de réellement se démocratiser. Par exemple, les logiciels actuels de simulation s’avèrent insuffisants pour répondre à des problèmes médicaux tels que l’évolution des tumeurs ou les traitements spécifiques aux patients. Le projet PerMedCoE, financé par l’UE, fournira un point d’entrée efficace et durable pour le tout nouveau domaine européen des calculs à haute performance (CHP) ainsi qu’en matière de supercalculateurs exaflopiques, afin de traduire les analyses omiques en modèles exploitables. Le principal objectif du projet est d’optimiser quatre applications pour des simulations à l’échelle cellulaire. L’équipe proposera également l’accès à des logiciels CHP et adaptés au calcul exaflopique optimisé, afin d’intégrer PerMed au sein du nouvel écosystème européen en la matière.

Objectif

Personalised Medicine (PerMed) opens unexplored frontiers to treat diseases at the individual level combining clinical and omics information. However, the performances of the current simulation software are still insufficient to tackle medical problems such as tumour evolution or patient-specific treatments. The challenge is to develop a sustainable roadmap to scale-up the essential software for the cell-level simulation to the new European HPC/Exascale systems. Simulation of cellular mechanistic models are essential for the translation of omic data to medical relevant actions and these should be accessible to the end-users in the appropriate environment of the PerMed-specific big confidential data.

The goal of the HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine (PerMedCoE) is to provide an efficient and sustainable entry point to the HPC/Exascale-upgraded methodology to translate omics analyses into actionable models of cellular functions of medical relevance. It will accomplish so by 1) optimising four core applications for cell-level simulations to the new pre-exascale platforms; 2) integrating PerMed into the new European HPC/Exascale ecosystem, by offering access to HPC/Exascale-adapted and optimised software; 3) running a comprehensive set of PerMed use cases; & 4) building the basis for the sustainability of the PerMedCoE by coordinating PerMed and HPC communities, and reaching out to industrial and academic end-users, with use cases, training, expertise, and best practices.

The PerMedCoE cell-level simulations will fill the gap between the molecular- and organ-level simulations from the CompBioMed and BioExcel CoEs with which this proposal is aligned at different levels. It will connect methods’ developers with HPC, HTC and HPDA experts (at POP and HiDALGO CoEs). Finally, the PerMedCoE will work with biomedical consortia (i.e. ELIXIR, LifeTime initiative) and pre-exascale infrastructures (BSC and CSC), including a substantial co-design effort.

Appel à propositions

H2020-INFRAEDI-2018-2020

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Sous appel

H2020-INFRAEDI-2019-1

Coordinateur

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER CENTRO NACIONAL DE SUPERCOMPUTACION
Contribution nette de l'UE
€ 1 146 273,84
Adresse
CALLE JORDI GIRONA 31
08034 Barcelona
Espagne

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Région
Este Cataluña Barcelona
Type d’activité
Research Organisations
Liens
Coût total
€ 1 188 773,84

Participants (13)