European Commission logo
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine - PerMedCoE

Opis projektu

Obliczenia o wysokiej wydajności mają pomóc w leczeniu chorób na poziomie indywidualnym

Dopasowanie leczenia w możliwie najbardziej zindywidualizowany sposób leży w samym sercu medycyny personalizowanej, która wykorzystuje informacje kliniczne i omiczne. Wciąż jednak daleko jest do momentu, gdy medycyna personalizowana naprawdę rozkwitnie. Przykładowo, obecne oprogramowanie symulacyjne jest niewystarczające, aby rozwiązać problemy medyczne, takie jak rozwój guzów lub leczenie dopasowane do pacjenta. Celem finansowanego przez UE projektu PerMedCoE jest zapewnienie wydajnego i zrównoważonego punktu wejścia do nowych europejskich wysokowydajnych systemów obliczeniowych (HPC) i systemów obliczeń eksaskalowych, aby wykorzystać analizy omiczne w modelach praktycznych. Projekt ma zoptymalizować cztery zastosowania symulacji na poziomie komórkowym. Zaoferuje również dostęp do oprogramowania HPC/dopasowanego do obliczeń eksaskalowych i zoptymalizowanego w celu integracji PerMed z europejskim HPC/ekosystemem eksaskali.

Cel

Personalised Medicine (PerMed) opens unexplored frontiers to treat diseases at the individual level combining clinical and omics information. However, the performances of the current simulation software are still insufficient to tackle medical problems such as tumour evolution or patient-specific treatments. The challenge is to develop a sustainable roadmap to scale-up the essential software for the cell-level simulation to the new European HPC/Exascale systems. Simulation of cellular mechanistic models are essential for the translation of omic data to medical relevant actions and these should be accessible to the end-users in the appropriate environment of the PerMed-specific big confidential data.

The goal of the HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine (PerMedCoE) is to provide an efficient and sustainable entry point to the HPC/Exascale-upgraded methodology to translate omics analyses into actionable models of cellular functions of medical relevance. It will accomplish so by 1) optimising four core applications for cell-level simulations to the new pre-exascale platforms; 2) integrating PerMed into the new European HPC/Exascale ecosystem, by offering access to HPC/Exascale-adapted and optimised software; 3) running a comprehensive set of PerMed use cases; & 4) building the basis for the sustainability of the PerMedCoE by coordinating PerMed and HPC communities, and reaching out to industrial and academic end-users, with use cases, training, expertise, and best practices.

The PerMedCoE cell-level simulations will fill the gap between the molecular- and organ-level simulations from the CompBioMed and BioExcel CoEs with which this proposal is aligned at different levels. It will connect methods’ developers with HPC, HTC and HPDA experts (at POP and HiDALGO CoEs). Finally, the PerMedCoE will work with biomedical consortia (i.e. ELIXIR, LifeTime initiative) and pre-exascale infrastructures (BSC and CSC), including a substantial co-design effort.

Zaproszenie do składania wniosków

H2020-INFRAEDI-2018-2020

Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszenia

Szczegółowe działanie

H2020-INFRAEDI-2019-1

Koordynator

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER CENTRO NACIONAL DE SUPERCOMPUTACION
Wkład UE netto
€ 1 146 273,84
Adres
CALLE JORDI GIRONA 31
08034 Barcelona
Hiszpania

Zobacz na mapie

Region
Este Cataluña Barcelona
Rodzaj działalności
Research Organisations
Linki
Koszt całkowity
€ 1 188 773,84

Uczestnicy (13)