Opis projektu DEENESFRITPL Identyfikacja mechanizmów regulujących patogenezę bakterii i oporność na środki przeciwdrobnoustrojowe Kontrola ekspresji genów przez bakterie odgrywa kluczową rolę w leczeniu chorób zakaźnych i zwalczaniu oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe. Podczas gdy regulacja poprzez niekodujące RNA jest dobrze znanym mechanizmem, potencjał wykorzystania rejonów 3’ niepodlegających translacji (ang. 3’-untranslated region, 3’-UTR) informacyjnego RNA i białek wiążących RNA pozostaje w dużej mierze niezbadany. Celem finansowanego przez ERBN projektu ReguloBac-3UTR jest przeprowadzenie wysokoprzepustowych badań in vivo w celu zbadania potranskrypcyjnych mechanizmów regulacyjnych, w których pośredniczą bakteryjne 3’-UTR. Jego zespół skupi się w szczególności na identyfikacji i scharakteryzowaniu regulacyjnych 3’-UTR u bakterii, w tym Staphylococcus aureus — potencjalnie śmiercionośnego patogenu. Projekt ma również na celu wykazanie ewolucji tych elementów regulacyjnych i ich wpływu na tworzenie specyficznych dla gatunku potranskrypcyjnych systemów regulacyjnych. Odkryje on funkcjonalną specyficzność i potranskrypcyjną regulację szeroko rozpowszechnionej rodziny białek wiążących RNA. Pokaż cel projektu Ukryj cel projektu Cel In eukaryotes, untranslated regions located at the 3′ end (3’UTRs) of messenger RNAs (mRNAs) have been proved to be key post-transcriptional regulatory elements controlling almost every single biological process. In contrast, in bacteria, most studies regarding post-transcriptional regulation have been mainly focused on specific non-coding RNAs and 5’UTRs, which often carry riboswitches or thermosensors. Remarkably, bacterial 3’UTRs have been largely disregarded and have not been considered as potential regulators. Recently, we found that a 3’UTR modulates biofilm formation in S. aureus through its interaction with the 5’UTR encoded in the same mRNA. This mechanism resembles eukaryotic mRNA circularization. Also, a 3’UTR that contributes to cellular homeostasis by promoting hilD mRNA turnover was recently shown in Salmonella. Although both studies are pioneering showing the potential of bacterial 3’UTRs as regulatory elements, many questions still remain to be answered. Are 3’UTRs roles conserved in bacterial species? Do 3’UTRs contain specific regulatory sequences or secondary RNA structures? Are transcriptional terminator sequences relevant for certain 3’UTRs? Are 3’UTRs specifically recognized by RNA-binding proteins? Might 3’UTRs be responsible for bacterial speciation? Might bacterial 3’UTRs be the ancestors of eukaryotic 3’UTR evolution? To achieve these questions, here we propose a high-throughput analysis based on the development of specialized dual-reporter libraries to identify in vivo functional 3’UTRs by fluorescence-activated cell sorting coupled to RNA sequencing. Also the pool of RNA-binding proteins associated to 3’UTRs will be identified by global MS2-tagging and mass spectrometry. Examples of 3’UTRs belonging to physiologically important genes will be selected to deeply study regulatory mechanisms at the molecular and single cell levels. We expect that this project will largely change the view of post-transcriptional regulation in bacteria. Dziedzina nauki natural sciencesbiological sciencesmicrobiologybacteriologynatural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteinsnatural sciencesbiological sciencesgeneticsRNAmedical and health sciencesbasic medicinepharmacology and pharmacydrug resistanceantibiotic resistancemedical and health sciencesbasic medicinephysiologyhomeostasis Program(-y) H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC) Main Programme Temat(-y) ERC-CoG-2014 - ERC Consolidator Grant Zaproszenie do składania wniosków ERC-2014-CoG Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszenia System finansowania ERC-COG - Consolidator Grant Instytucja przyjmująca AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS Wkład UE netto € 1 876 778,00 Adres CALLE SERRANO 117 28006 Madrid Hiszpania Zobacz na mapie Region Comunidad de Madrid Comunidad de Madrid Madrid Rodzaj działalności Research Organisations Linki Kontakt z organizacją Opens in new window Strona internetowa Opens in new window Uczestnictwo w unijnych programach w zakresie badań i innowacji Opens in new window sieć współpracy HORIZON Opens in new window Koszt całkowity € 1 876 778,00 Beneficjenci (1) Sortuj alfabetycznie Sortuj według wkładu UE netto Rozwiń wszystko Zwiń wszystko AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS Hiszpania Wkład UE netto € 1 876 778,00 Adres CALLE SERRANO 117 28006 Madrid Zobacz na mapie Region Comunidad de Madrid Comunidad de Madrid Madrid Rodzaj działalności Research Organisations Linki Kontakt z organizacją Opens in new window Strona internetowa Opens in new window Uczestnictwo w unijnych programach w zakresie badań i innowacji Opens in new window sieć współpracy HORIZON Opens in new window Koszt całkowity € 1 876 778,00
