Description du projet DEENESFRITPL L’informatique génomique: une approche fondamentale de la bioinformatique Grâce aux technologies de séquençage de nouvelle génération à haut débit et à la bioinformatique, les scientifiques ont répondu à des questions ciblées sur la manière dont certaines séquences d’ADN contrôlent différents aspects de la biologie. Cependant, bien que le Human Genome Project fut un projet de recherche fondamentale ne ciblant pas une maladie ou une population spécifique, la génomique computationnelle doit évoluer vers une analyse fondamentale ascendante des informations cachées dans les volumineux dépôts de données de séquences bien classées. Le projet GeCo, financé par le Conseil européen de la recherche, accélérera ce processus. Il fournira des abstractions de données et des solutions technologiques, améliorant ainsi la coopération entre les réseaux de recherche et les réseaux cliniques. GeCo permettra également le libre accès à de nouveaux référentiels de données traitées et élaborera une méthode reproductible de gestion des données génomiques offrant une technologie conviviale, qui aidera autant les cliniciens que les biologistes. Afficher les objectifs du projet Masquer les objectifs du projet Objectif Next-generation sequencing technology has dramatically reduced the cost and time of reading the DNA. Huge investments are targeted to sequencing the DNA of large populations, and repositories of well-curated sequence data are being collected. Answers to fundamental biomedical problems are hidden in these data, e.g. how cancer arises, how driving mutations occur, how much cancer is dependent on environment. But genomic computing has not comparatively evolved. Bioinformatics has been driven by specific needs and distracted from a foundational approach; hundreds of methods solve individual problems, but miss the broad perspective.The objective of GeCo is to rethink genomic computing through the lens of basic data management. We will first design the data model, using few general abstractions that guarantee interoperability between existing data formats. Next, we will design a new-generation query language inspired by classic relational algebra and extended with orthogonal, domain-specific abstractions for genomics. Query processing will trace metadata and computation steps, opening doors to the seamless integration of descriptive statistics and high-level data analysis (e.g. DNA region clustering and extraction of regulatory networks).Genomic computing is a “big data” problem, therefore we will also achieve computational efficiency by using parallel computing on both clusters and public clouds; the choice of a suitable data model and of computational abstractions will boost performance in a principled way. The resulting technology will be applicable to individual and federated repositories, and will be exploited for providing integrated access to curated data, made available by large consortia, through user-friendly search services. Our most far-fetching vision is to move towards an Internet of Genomes exploiting data indexing and crawling. The PI’s background in distributed data, data modelling, query processing and search will drive a radical paradigm shift. Champ scientifique natural sciencescomputer and information sciencesinternetnatural sciencesbiological sciencesgeneticsDNAnatural sciencescomputer and information sciencesdata sciencebig datanatural sciencesmathematicspure mathematicsalgebranatural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomes Programme(s) H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC) Main Programme Thème(s) ERC-ADG-2015 - ERC Advanced Grant Appel à propositions ERC-2015-AdG Voir d’autres projets de cet appel Régime de financement ERC-ADG - Advanced Grant Institution d’accueil POLITECNICO DI MILANO Contribution nette de l'UE € 2 500 000,00 Adresse PIAZZA LEONARDO DA VINCI 32 20133 Milano Italie Voir sur la carte Région Nord-Ovest Lombardia Milano Type d’activité Higher or Secondary Education Establishments Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Participation aux programmes de R&I de l'UE Opens in new window Réseau de collaboration HORIZON Opens in new window Coût total € 2 500 000,00 Bénéficiaires (1) Trier par ordre alphabétique Trier par contribution nette de l'UE Tout développer Tout réduire POLITECNICO DI MILANO Italie Contribution nette de l'UE € 2 500 000,00 Adresse PIAZZA LEONARDO DA VINCI 32 20133 Milano Voir sur la carte Région Nord-Ovest Lombardia Milano Type d’activité Higher or Secondary Education Establishments Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Participation aux programmes de R&I de l'UE Opens in new window Réseau de collaboration HORIZON Opens in new window Coût total € 2 500 000,00
