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Investigating the functional architecture of microbial genomes with synthetic approaches

Publications

Multiplex assays for the identification of serological signatures of SARS-CoV-2 infection: an antibody-based diagnostic and machine learning study

Auteurs: Jason Rosado, Stéphane Pelleau, Charlotte Cockram, Sarah Hélène Merkling, Narimane Nekkab, Caroline Demeret, Annalisa Meola, Solen Kerneis, Benjamin Terrier, Samira Fafi-Kremer, Jerome de Seze, Timothée Bruel, François Dejardin, Stéphane Petres, Rhea Longley, Arnaud Fontanet, Marija Backovic, Ivo Mueller, Michael T White
Publié dans: The Lancet Microbe, Numéro 2/2, 2021, Page(s) e60-e69, ISSN 2666-5247
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/s2666-5247(20)30197-x

MetaHiC phage-bacteria infection network reveals active cycling phages of the healthy human gut

Auteurs: Martial Marbouty, Agnès Thierry, Gaël A Millot, Romain Koszul
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60608

Computer vision for pattern detection in chromosome contact maps

Auteurs: Cyril Matthey-Doret, Lyam Baudry, Axel Breuer, Rémi Montagne, Nadège Guiglielmoni, Vittore Scolari, Etienne Jean, Arnaud Campeas, Philippe Henri Chanut, Edgar Oriol, Adrien Méot, Laurent Politis, Antoine Vigouroux, Pierrick Moreau, Romain Koszul, Axel Cournac
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19562-7

Karyotype engineering reveals spatio-temporal control of replication firing and gene contacts

Auteurs: Luciana Lazar-Stefanita; Jingchuan Luo; Remi Montagne; Agnes Thierry; Xiaoji Sun; Guillaume Mercy; Julien Mozziconacci; Romain Koszul; Jef D. Boeke
Publié dans: Cell Genomics, Numéro 1, 2022, ISSN 2666-979X
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100163

Euryarchaeal genomes are folded into SMC-dependent loops and domains, but lack transcription-mediated compartmentalization

Auteurs: Charlotte Cockram, Agnès Thierry, Aurore Gorlas, Roxane Lestini, Romain Koszul
Publié dans: Molecular Cell, 2020, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.12.013

FACT mediates cohesin function on chromatin

Auteurs: Jonay Garcia-Luis, Luciana Lazar-Stefanita, Pilar Gutierrez-Escribano, Agnes Thierry, Axel Cournac, Alicia García, Sara González, Mar Sánchez, Adam Jarmuz, Alex Montoya, Marian Dore, Holger Kramer, Mohammad M. Karimi, Francisco Antequera, Romain Koszul, Luis Aragon
Publié dans: Nature Structural & Molecular Biology, Numéro 26/10, 2019, Page(s) 970-979, ISSN 1545-9993
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0307-x

Chromosome folding and prophage activation reveal specific genomic architecture for intestinal bacteria

Auteurs: Quentin, Lamy-Besnier; Amaury, Bignaud; Julian R, Garneau; Marie, Titecat; Devon E, Conti; Alexandra, Von Strempel; Marc, Monot; Bärbel, Stecher; Romain, Koszul; Laurent, Debarbieux; Martial, Marbouty
Publié dans: Microbiome, Numéro 7, 2023, ISSN 2049-2618
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-023-01541-x

Characterizing meiotic chromosomes' structure and pairing using a designer sequence optimized for Hi‐C

Auteurs: Héloïse Muller, Vittore F Scolari, Nicolas Agier, Aurèle Piazza, Agnès Thierry, Guillaume Mercy, Stéphane Descorps‐Declere, Luciana Lazar‐Stefanita, Olivier Espeli, Bertrand Llorente, Gilles Fischer, Julien Mozziconacci, Romain Koszul
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 14/7, 2018, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20188293

Regulation of Cohesin-Mediated Chromosome Folding by Eco1 and Other Partners

Auteurs: Lise Dauban, Rémi Montagne, Agnès Thierry, Luciana Lazar-Stefanita, Nathalie Bastié, Olivier Gadal, Axel Cournac, Romain Koszul, Frédéric Beckouët
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 77/6, 2020, Page(s) 1279-1293.e4, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.01.019

Serpentine: a flexible 2D binning method for differential Hi-C analysis

Auteurs: Lyam Baudry, Gaël A Millot, Agnes Thierry, Romain Koszul, Vittore F Scolari
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 36/12, 2020, Page(s) 3645-3651, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa249

Sir3 mediates long-range chromosome interactions in budding yeast

Auteurs: Myriam Ruault, Vittore F. Scolari, Luciana Lazar-Stefanita, Antoine Hocher, Isabelle Loïodice, Romain Koszul, Angela Taddei
Publié dans: Genome Research, Numéro 31/3, 2021, Page(s) 411-425, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.267872.120

Insights in bacterial genome folding

Auteurs: Fares Osam Yáñez-Cuna; Romain Koszul
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 2, 2023, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102679

Smc3 acetylation, Pds5 and Scc2 control the translocase activity that establishes cohesin dependent chromatin loops

Auteurs: Nathalie Bastié, Christophe Chapard, Lise Dauban, Olivier Gadal, Frederic Beckouёt, Romain Koszul
Publié dans: Biorxiv, 2021
Éditeur: Biorxiv
DOI: 10.1101/2021.04.21.440823

Genomic contacts reveal the control of sister chromosome decatenation in E. coli

Auteurs: Brenna Conin, Ingrid Billault-Chaumartin, Hafez El Sayyed, Charlotte Cockram, Romain Koszul, Olivier Espeli
Publié dans: Biorxiv, 2021
Éditeur: Biorxiv
DOI: 10.1101/2021.05.17.444411

Cohesin regulates homology search during recombinational DNA repair

Auteurs: Aurèle Piazza, Hélène Bordelet, Agnès Dumont, Agnès Thierry, Jérôme Savocco, Fabien Girard, Romain Koszul
Publié dans: Biorxiv, 2020
Éditeur: Biorxiv
DOI: 10.1101/2020.12.17.423195

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