Livrables
Link to the event website with programme and slidesLead Beneficiary ElixirHub
D2.4 FAIR Cookbook - Public VersionThe FAIR Cookbook and four initial recipes will be released in a public repository on GitHub Throughout the rest of the project the Cookbook will be updated with new recipes as they become available
D3.5 Provide IMI FAIR Data CatalogueProvide a link to the IMI FAIR data catalogue for IMI data in scope supporting data discovery at high level and where IMI FAIRification progress and metrics can be publicly indicated
D1.3 The first 15 IMI data sets selected and available for inclusion in WP2 - 4 processesA list of the 15 IMI data sets presented and minuted at the monthly Managing Board meeting
D4.1 Description of the objective evaluation criteria for the application reviewThe objective evaluation criteria for the application review will be definedThe criteria will include a description of how equal treatment of all applications will be ensured for those receiving public funding
D2.1 FAIR CookbookThis is the final document in the form of recipes containing guidance on how to use a stack of standards metrics and related services to FAIRify datasets
D2.6 FAIR-CMMA report outlining the outputs of the FAIRCMM work including the final version of the FAIRCMM maturation steps and indicators
D3.7 A FAIRification guidance tool for IMIThe guidance tool will allow users to make a selection of both community and project delivered tools and processes for specific FAIRification use cases
D4.3 FAIRplus Fellowship ProgrammeA link to the documentation of the completed Fellowship Programme including its structure training modules incentives and legal framework
D1.2 Selection criteria and guidelines for data sources from IMI projects and EFPIA internal databasesReport describing criteria including underlying rationale with respect to ELSI scientific impact societal impact ease of access etc Scope will include specific information on pilot data sets In criteria setting the societal impact of pilot data sets will be determined with respect to EU priorities see above and the contribution to the goal of 23 of data sets being of high societal impact will be determined
D2.5 FAIR-CMM - Alpha VersionA simple deliverable report as a method to disseminate the FAIRCMM
D5.8 FAIRplus overview of the scientific publicationsCollective view of the scientific publications generated during the project time frameLead ELIXIR Hub
D4.4 Report on Policy-maker engagement strategyCompletion and publication of report
D3.6 Provide a technical feasibility reportProvide a technical feasibility report with an exemplar for each data type outlining local remote and cloudbased options for FAIRification hosting including security options as well as existing solutions Lead EMBLEBI
D5.4 KPI DashboardLink to the FAIRplus lightweight Dashboard that will build on current resourcesLead ELIXIR Hub
D5.3 FAIRplus Handbook and project monitoringLink to the initial version of the project handbook including guidelines ie Governance communication and assets as well as project performance indicators Lead ELIXIR Hub
D3.1 First phase Exemplar IMI projects FAIRifiedA list of data available from Exemplar IMI projects according to FAIR principles from IMI catalogue indicating level of FAIRLead EMBLEBI
D3.8 Sustainability White PaperLink to the sustainability white paperLead ELIXIR Hub
D4.5 Use case dissemination packageComplete package comprising three convincing use cases demonstrating the scientific value of FAIRification in a convincing manner appealing to both researchers and research support staff
D1.1 First 3 data sets from Pilot selected and availableA list of the selected pilots presented and minuted at the monthly Managing Board meeting
D3.3 Report on IMI projects for data types and current technical solutionsReport on IMI projects for data types and current technical solutions detailing phasing of implementationLead EMBLEBI
D5.7 FAIRplus Handbook and project monitoringUpdate of the FAIRplus Handbook focusing on lessons learntLead ELIXIR Hub
D5.5 Sustainability PlanConsolidated sustainability plan that will incorporate inputs of all participants and specific work carried out by other WPsLead EMBLEBI
D3.2 IMI FAIR Metrics PublicationPublication on generation of FAIR metrics and example applicationLead EMBLEBI
D.2.2 BYOD GuidelinesThis is the final document encompassing best practice for organising BYODs as well as explaining how to FAIRify specific data types for different maturation levels
D5.1 Website, project governance and communication assets and guidelines availableD51 Website project governance and communication assets and guidelines availableWebsite project governance and communication assets and guidelines are availableLead ELIXIR Hub
Publications
Auteurs:
Tseng, Yun-Yun; Scollen, Serena; Hurst, Hannah; Taverner, Ellie; Sansone, Susanna-Assunta
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7447947
Auteurs:
Welter, Danielle; Rocca-Serra, Philippe; Grouès, Valentin; Sallam, Nirmeen; Ancien, François; Shabani, Abetare; Asariardakani, Saeideh; Alper, Pinar; Ghosh, Soumyabrata; Burdett, Tony; Sansone, Susanna-Assunta; Gu, Wei; Satagopam, Venkata
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7157284
Auteurs:
Hurst, Hannah; Peeters, Paul; Scollen, Serena; Taverner, Ellie; Pérez Sitjà, Xènia; Xu, Fuqi; Burdett, Tony; Rocca-Serra, Philippe; Juty, Nick; Emam, Ibrahim; Strubel, Jolanda; Splendiani, Andrea
Publié dans:
Numéro 3, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.5789380
Auteurs:
Boiten, Jan-Willem; Bonora, Daniela; Boutsma, Erwin; Custers, Ilse; Duyndam, Alexander; Gadiya, Yojana; Gribbon, Philip; Juty, Nick
Publié dans:
2023
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7639819
Auteurs:
Welter, Danielle, Juty, Nick, Rocca-Serra, Philippe, Xu, Fuqi, Henderson, David, Gu, Wei, Strubel, Jolanda, Giessmann, Robert T., Emam, Ibrahim, Gadiya, Yojana, Abbassi-Daloii, Tooba, Alharbi, Ebtisam, Gray, Alasdair J.G., Courtot, Melanie, Gribbon, Philip, Ioannidis, Vassilios, Reilly, Dorothy S., Lynch, Nick, Boiten, Jan-Willem, Satagopam, Venkata; Goble, Carole; Sansone, Susanna-Assunta; Burde
Publié dans:
2023
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7702124
Auteurs:
Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta; Gu, Wei; Welter, Danielle; Abbassi Daloii, Tooba; Portell-Silva, Laura
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6783563
Auteurs:
Beyan, Oya; Emam, Ibrahim; Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta; Juty, Nick; Alharbi, Ebtisam; Wood, Colin; Henderson, David; Burdett, Tony; Konopko, Melissa
Publié dans:
Numéro 1, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.5040592
Auteurs:
Xu, Fuqi; Burdett, Tony; Lynch, Nick; Gribbon, Philip; Henderson, David
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6821509
Auteurs:
Willighagen, Egon
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7316412
Auteurs:
Juty, Nick; Courtot, Melanie; Burdett, Tony; Goble, Carole; Gray, Alasdair; Evelo, Chris; Willighagen, Egon; Nunes, Nuno; Rocca-Serra, Philippe; Batista, Dominique; Sansone, Susanna-Assunta; Kohler, Manfred; Welter, Danielle; Imam, Ibrahim; Gribbon, Philip
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6806341
Auteurs:
Engkvist, Ola; Gribbon, Philip; Ioannidis, Vassilios; Kohler, Manfred; Henderson, David; Zaliani, Andrea; Witt, Gesa; Reilly, Dorothy
Publié dans:
Numéro 2, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.4428746
Auteurs:
Philippe Rocca-Serra; Wei Gu; Vassilios Ioannidis; Tooba Abbassi Daloii; Salvador Capella-Gutierrez; Ishwar Chandramouliswaran; Andrea Splendiani; Tony Burdett; Robert T. Giessmann; David Henderson; Dominique Batista; Allyson Lister; Ibrahim Emam; Yojana Gadiya; Lucas Giovanni; Egon Willighagen; Chris Evelo; Alasdair J. G. Gray; Philip Gribbon; Nick Juty; Danielle Welter; Karsten Quast; Paul Peete
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7156792
Auteurs:
Custers, Ilse; Boutsma, Erwin; Boiten, Jan-Willem; Duyndam, Alexander; Xu, Fuqi; Juty, Nick; Gribbon, Philip
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7441699
Auteurs:
Blackshaw, James; Boutsma, Erwin; Edfeldt, Kristina; Edwards, Aled; Emam, Ibrahim; Felix, Eloy; Ferreira, Lucas Martins; Gaulton, Anna; Giessmann, Robert; Hartley, Matthew; Juty, Nick; Knapp, Stefan; Leach, Andrew; Marsden, Brian; Mendez, David; Montel, Florian; Mueller-Knapp, Susanne; Reilly, Dorothy; Rocca-Serra, Philippe; Sarakans, Ugis; Tjaden, Amelie
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7270761
Auteurs:
Welter, Danielle; Juty, Nick; Rocca-Serra, Philippe; Xu, Fuqi; Henderson, David; Gu, Wei; Strubel, Jolanda; Giessmann, Robert T.; Emam, Ibrahim; Gadiya, Yojana; Abbassi-Daloii, Tooba; Alharbi, Ebtisam; Gray, Alasdair J.G.; Courtot, Melanie; Gribbon, Philip; Ioannidis, Vassilios; Reilly, Dorothy S.; Lynch, Nick; Boiten, Jan-Willem; Satagopam, Venkata; Goble, Carole; Sansone, Susanna-Assunta; Burdet
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7157066
Auteurs:
Hurst, Hannah; Peeters, Paul
Publié dans:
Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.2653565
Auteurs:
Pippow, Andreas; Kroh, Franziska; Boiten, Jan-Willem; Mabile, Laurence
Publié dans:
Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3465652
Auteurs:
Pippow, Andreas; Kroh, Franziska
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3935396
Auteurs:
Gribbon, Philip; Gu, Wei; Sanz, Ferran; Ioannidis, Vassilios; Engkvist, Ola; Henderson, David; Reilly, Dorothy; Rocca-Serra, Philippe; Zaliani, Andrea; Witt, Gesa; Kohler, Manfred; Giessmann, Robert
Publié dans:
Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3596024
Auteurs:
Lauer, Katharina
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3691769
Auteurs:
Burdett, Tony; Courtot, Mélanie; Xu, Fuqi; Gu, Wei; Satagopam, Venkata; Juty, Nick; Beyan, Oya; Ronzano, Francesco; Furlong, Laura; Emam, Ibrahim; Goble, Carole; Giessmann, Robert; Lynch, Nick
Publié dans:
Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3587397
Auteurs:
Duyndam, Alexander; Smith, Andrew; Boiten, Jan-Willem
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3733199
Auteurs:
Hurst, Hannah; Peeters, Paul; Scollen, Serena; Coutts, Nikki
Publié dans:
Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3585509
Auteurs:
Velek, Premysl; Hurst, Hannah; Cook, Martin; Burdett, Tony; Gu, Wei; Courtot, Melanie; Rocca-Serra, Philippe; Henderson, David
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3964434
Auteurs:
Philippe Rocca-Serra; Robert Giessmann; Andrea Splendiani; Jan-Willem Boiten; Melanie Courtot; Tony Burdett; Fuqi Xu; Susanna-Assunta Sansone
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3924476
Auteurs:
Gribbon, Philip; Gu, Wei; Sanz, Ferran; Ioannidis, Vassilios; Kohler, Manfred; Zaliani, Andrea; Henderson, David; Reilly, Dorothy; Rocca-Serra, Philippe
Publié dans:
Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3274229
Auteurs:
Emam, Ibrahim; Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta; Portell-Silva, Laura; Gadiya, Yojana; Welter, Danielle; Juty, Nick; Abbassi-Daloii, Tooba
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7464523
Auteurs:
Manuel Pastor; Gómez-Tamayo, José Carlos; Sanz, Ferran
Publié dans:
Numéro 1, 2021
Éditeur:
Springer Nature
DOI:
10.6084/m9.figshare.14450922.v1
Auteurs:
Lynch, Nick; Williams-Jones, Bryn
Publié dans:
Numéro March 21, 2022, 2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6373694
Auteurs:
Burdett, Tony; Xu, Fuqi; Courtot, M��lanie; Juty, Nick
Publié dans:
Numéro 1, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.4428633
Auteurs:
Boutsma, Erwin; Custers, Ilse; Boiten, Jan-Willem; Gribbon, Philip; Arrazuria, Rakel; Gadiya, Yojana; Hansen, Jon Ulf
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6685799
Auteurs:
Satagopam, Venkata; Welter, Danielle; Gu, Wei; Grouès, Valentin; Rocca-Serra, Philippe
Publié dans:
Numéro 3, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.5788626
Auteurs:
Burdett, Tony; Xu, Fuqi; Gu, Wei; Juty, Nick; Emam, Ibrahim; Boiten, Jan-Willem; Rocca-Serra, Philippe
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6856874
Auteurs:
Lynch, Nick; Willams-Jones, Bryn; Scollen, Serena; Burdett, Tony; van Vlijmen, Herman
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6385121
Auteurs:
Burdett, Tony; Courtot, M��lanie; Xu, Fuqi; Juty, Nick; Strubel, Jolanda; Gu, Wei; Welter, Danielle; Quast, Karsten; Reilly, Dorothy
Publié dans:
Numéro 3, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.4428721
Auteurs:
Scollen, Serena; Lynch, Nick; Williams-Jones, Bryn; Hurst, Hannah; Peeters, Paul; Sansone, Susanna; Rocca-Serra, Philippe; Delfin, Alejandra; Cambon-Thomsen, Anne; Emam, Ibrahim; Juty, Nick; Pippow, Andreas; Beyan, Oya
Publié dans:
Numéro 3, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.4354651
Auteurs:
Boiten, Jan-Willem; Custers, Ilse; Duyndam, Alexander; Gribbon, Philip; Juty, Nick; Welter, Danielle; Boutsma, Erwin; Peelen, Sjaak
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6685729
Auteurs:
Custers, Ilse; Weitenberg, Edmar; Duyndam, Alexander; Boiten, Jan-Willem; Pérez Sitjà, Xènia; Willighagen, Egon; Ronzano, Francesco; Giessmann, Robert; Juty, Nick; Ioannidis, Vassilios; Emam, Ibrahim; Rocca-Serra, Philippe
Publié dans:
Numéro 1, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.5786674
Auteurs:
Boutsma, Erwin; Boiten, Jan-Willem; Custers, Ilse; Duyndam, Alexander; Tseng, Yun-Yun
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6799039
Auteurs:
Soumyabrata, Ghosh; Balaur Irina-Afrodita; Rommes Basile; Rege Kavita; Ćwiek-Kupczyńska Hanna; Wei, Gu; Schneider Reinhard; Satagopam
Publié dans:
Numéro 1, 2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7102574
Auteurs:
Alharbi, Ebtisam, Juty, Nick, Jay, Caroline, & Goble, Carole
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.6942268
Auteurs:
Rodríguez-Espigares, I., Torrens-Fontanals, M., Tiemann
Publié dans:
Nature Methods, 2020, ISSN 1548-7091
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-020-0884-y
Auteurs:
Manuel Bernal-Llinares, Javier Ferrer-Gómez, Nick Juty, Carole Goble, Sarala M Wimalaratne, Henning Hermjakob
Publié dans:
Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa864
Auteurs:
Angela Leis; Francesco Ronzano; Miguel Angel Mayer; Laura I. Furlong; Ferran Sanz
Publié dans:
Journal of Medical Internet Research, Numéro 1, 2020, ISSN 1438-8871
Éditeur:
Journal of medical Internet Research
DOI:
10.2196/20920
Auteurs:
Manuel Pastor; José Carlos Gómez-Tamayo; Ferran Sanz
Publié dans:
Journal of Cheminformatics, Vol 13, Iss 1, Pp 1-15 (2021), Numéro 2, 2021, ISSN 1758-2946
Éditeur:
Chemistry Central
DOI:
10.21203/rs.3.rs-107430/v1
Auteurs:
Romain David, Laurence Mabile, Alison Specht, Sarah Stryeck, Mogens Thomsen, Mohamed Yahia, Clement Jonquet, Laurent Dollé, Daniel Jacob, Daniele Bailo, Elena Bravo, Sophie Gachet, Hannah Gunderman, Jean-Eudes Hollebecq, Vassilios Ioannidis, Yvan Le Bras, Emilie Lerigoleur, Anne Cambon-Thomsen
Publié dans:
Data Science Journal, Numéro 19, 2020, ISSN 1683-1470
Éditeur:
Committee on Data for Science and Technology (CODATA) International Council for Science (ICSU)
DOI:
10.5334/dsj-2020-032
Auteurs:
Philippe Rocca-Serra, Susanna-Assunta Sansone
Publié dans:
Scientific Data, Numéro 6/1, 2019, ISSN 2052-4463
Éditeur:
Scientific Data
DOI:
10.1038/s41597-019-0286-0
Auteurs:
Mark D. Wilkinson, Michel Dumontier, Susanna-Assunta Sansone, Luiz Olavo Bonino da Silva Santos, Mario Prieto, Dominique Batista, Peter McQuilton, Tobias Kuhn, Philippe Rocca-Serra, Mercѐ Crosas, Erik Schultes
Publié dans:
Scientific Data, Numéro 6/1, 2019, ISSN 2052-4463
Éditeur:
Nature
DOI:
10.1038/s41597-019-0184-5
Auteurs:
Anna-Lena Lamprecht, Leyla Garcia, Mateusz Kuzak, Carlos Martinez, Ricardo Arcila, Eva Martin Del Pico, Victoria Dominguez Del Angel, Stephanie van de Sandt, Jon Ison, Paula Andrea Martinez, Peter McQuilton, Alfonso Valencia, Jennifer Harrow, Fotis Psomopoulos, Josep Ll. Gelpi, Neil Chue Hong, Carole Goble, Salvador Capella-Gutierrez
Publié dans:
Data Science, Numéro 3/1, 2020, Page(s) 37-59, ISSN 2451-8492
Éditeur:
IOS Press
DOI:
10.3233/ds-190026
Auteurs:
Annika Jacobsen, Ricardo de Miranda Azevedo, Nick Juty, Dominique Batista, Simon Coles, Ronald Cornet, Mélanie Courtot, Mercè Crosas, Michel Dumontier, Chris T. Evelo, Carole Goble, Giancarlo Guizzardi, Karsten Kryger Hansen, Ali Hasnain, Kristina Hettne, Jaap Heringa, Rob W.W. Hooft, Melanie Imming, Keith G. Jeffery, Rajaram Kaliyaperumal, Martijn G. Kersloot, Christine R. Kirkpatrick, Tobias K
Publié dans:
Data Intelligence, Numéro 2/1-2, 2020, Page(s) 10-29, ISSN 2641-435X
Éditeur:
The MIT Press Journals
DOI:
10.1162/dint_r_00024
Auteurs:
Ebtisam Alharbi, Yojana Gadiya, David Henderson, Andrea Zaliani, Alejandra Delfin-Rossaro, Anne Cambon-Thomsen, Manfred Kohler, Gesa Witt, Danielle Welter, Nick Juty, Caroline Jay, Ola Engkvist, Carole Goble, Dorothy S. Reilly, Venkata Satagopam, Vassilios Ioannidis, Wei Gu, Philip Gribbon
Publié dans:
Drug Discovery Today, Numéro Volume 27, Numéro 8, 2022, Page(s) 2080-2085, ISSN 1359-6446
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.drudis.2022.05.010
Auteurs:
Yojana Gadiya; Rakel Arrazuria; Jon Ulf Hansen; Danielle Welter; Fuqi Xu; Philippe Rocca-Serra; Nick Juty; Philip Gribbon
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7187941
Auteurs:
Rocca-Serra, Philippe
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.4133822
Auteurs:
Goble, Carole; Alharbi, Ebtisam; Juty, Nick; Jay, Caroline; Skeva, Rigina
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.7267881
Auteurs:
Anne, Cambon-Thomsen; Laurence, Mabile; Mogens, Thomsen; Romain, David
Publié dans:
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02310949, Numéro 1, 2019
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.3479151
Auteurs:
Strubel, Jolanda
Publié dans:
2022
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.5281/zenodo.5913819
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