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De meilleures sondes pour le protéome

La protéomique est la science qui analyse en détails le comportement des protéines. Pour faire progresser la recherche dans ce domaine, les chercheurs ont besoin de meilleures sondes et de molécules liantes afin de différencier un état pathologique d'un état en bonne santé.
De meilleures sondes pour le protéome
Les attaches ou molécules liantes peuvent être des fragments d'anticorps, des matrices ou bien des aptamères (molécules peptidiques utilisées pour se lier à une cible moléculaire spécifique). Les molécules liantes peuvent être utilisées par exemple dans les micropuces pour trier et analyser toutes les informations recueillies avec l'imagerie par fluorescence multidimensionnelle pour étudier le fonctionnement biologique, analyser les ligatures de proximité ou observer les interactions protéine-protéine.

Le projet AFFINITYPROTEOME (Advanced affinity tools and technologies for high throughput studies of the human proteome), financé par l'UE, a ainsi développé des méthodes recombinantes permettant de générer des liants et améliorer les applications d'analyse des cibles protéomiques chez l'homme. Cette optimisation a été obtenue par une production haut débit des molécules liantes et une meilleure technologie d'application en termes d'automatisation des coûts et de qualité.

Les travaux du projet ont surtout porté sur le développement d'un pipeline permettant de définir et de produire les molécules cibles, de sélectionner les molécules liantes et d'élaborer les méthodes pour leur caractérisation et leur adaptation dans les systèmes d'application. Les chercheurs ont ensuite approfondi les applications techniques spécifiques utilisées pour les recherches sur les interactions protéiques des cellules vivantes ou fixées.

Ils ont ainsi analysé les voies de transduction du signal de la MAP kinase et du facteur de croissance transformant (TGF-ß) y compris leurs récepteurs, les matrices et les facteurs de transcription. Ces protéines étant largement impliquées dans des pathologies graves comme le cancer, des réactifs de liaison de haute qualité seront particulièrement utiles pour une recherche pertinente et le développement de nouveaux médicaments dans ce domaine.

Les domaines de répétitions ankyrine synthétiques (DARPins, pour designed ankyrin repeat proteins) représentent une alternative aux anticorps pour la fixation des protéines cibles et la découverte et le développement de nouvelles molécules thérapeutiques. L'équipe de chercheurs a donc généré des DARPins possédant une grande affinité pour leur molécule cible et leurs résultats soulignent l'énorme potentiel de ces molécules en tant que nouvelle classe d'inhibiteurs intracellulaires, hautement spécifiques pour certains enzymes parfaitement identifiés. Ainsi, certaines de ces molécules thérapeutiques potentielles sont capables de bloquer l'action spécifique de signalisation cellulaire dans la cellule vivante.

Plusieurs opportunités commerciales ont été reprises et développées par les PME du consortium. Celles-ci englobent par exemple de meilleurs réactifs, des progrès techniques et des accessoires plus performants. Le coordinateur du projet a par ailleurs fondé une nouvelle société spécialisée dans les micropuces protéiques.

37 articles originaux et synthèses ont été publiés et d'autres sont actuellement en préparation. L'équipe a effectué plus de 80 présentations lors de conférences internationales et d'ateliers. Pour faciliter à la fois la recherche et la diffusion de leurs travaux, les partenaires du projet ont travaillé en étroite collaboration avec des initiatives similaires aux États-Unis.

Les molécules liantes générées pendant le projet AFFINITYPROTEOME pourront être exploitées dans une large gamme de pathologies, tant les maladies infectieuses que les maladies auto-immunes, la transplantation, la cicatrisation ou différents types de cancer.

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Mots-clés

Protéome, liant, AFFINITYPROTEOME, cancer, DARPins