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FP6

CELLS INTO ORGANS — Resultado resumido

Project ID: 504468
Financiado con arreglo a: FP6-LIFESCIHEALTH
País: Países Bajos

Integración de la información sobre precursores del ARNm alternativos

Un grupo de científicos europeos ha desarrollado una base de datos genómica con toda la información disponible acerca de precursores de ARNm alternativos. Esta herramienta resultará muy útil para futuras investigaciones acerca de la relación entre las isoformas de ARNm y determinadas enfermedades.
Integración de la información sobre precursores del ARNm alternativos
La producción de ARNm maduro a partir de ADN genómico es un proceso altamente controlado, regulado en diferentes etapas (la iniciación de la transcripción, el corte y empalme del ARNm y la poliadenilación). Estos procesos suponen un mecanismo inherente de variabilidad, permitiendo la obtención a partir de un mismo gen de diferentes isoformas de ARNm, las cuales tendrán sitios de iniciación, exones y regiones no transcritas característicos.

Estas isoformas de ARNm son específicas de tejidos concretos o de etapas del desarrollo determinadas, estando los errores en su expresión implicados en enfermedades como el cáncer y la esclerosis múltiple. Por este motivo, los precursores del ARNm alternativos (PAA) tienen importantes implicaciones de cara al diseño de nuevos fármacos y terapias dirigidas. El objetivo del proyecto ATD («Proyecto sobre la diversidad en los precursores del ARNm alternativos»), financiado por la UE, consistió en integrar toda la información existente acerca de los PAA en una única base de datos.

Los miembros del proyecto desarrollaron una herramientas de enrome utilidad para el estudio de la transcripción alternativa, denominada base de datos de Diversidad de Precursores del ARNm y Corte y Empalme Alternativo (Alternative Splicing and Transcript Diversity, ASTD), accesible a través de la página de Internet del Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) (http://www.ebi.ac.uk/astd/). Esta base de datos contiene información acerca de precursores del ARNm alternativos de humano, ratón y rata.

Uno de sus principales ventajas es que está basada en un interfaz de búsqueda ASTD de fácil manejo, lo cual contribuyó a generalizar su uso. Este interfaz permite a los investigadores obtener información acerca de múltiples aspectos del transcriptoma alternativo. Los usuarios pueden localizar precursores del ARNm alternativos mientras visualizan información detallada acerca de las isoformas génicas y la expresión. Además, el servidor en Internet de ASTD permite establecer asociaciones entre diferentes PAA y tejidos o enfermedades concretos.

El proyecto ATD mostró un gran interés en la validación experimental de alrededor de quinientos precursores del ARNm potenciales en humano y ratón. Tras seleccionar los precursores humanos por su posible expresión en células cancerosas, la realización de procedimientos de cribado permitió demostrar la asociación de la expresión de setenta y tres PAA concretos con el cáncer.

En términos generales, el proyecto ATD ha desarrollado numerosas herramientas y métodos para la determinación y el análisis de PAA. La base de datos generada por ATD podría resultar muy útil para el establecimiento de asociaciones entre las variaciones en la expresión génica y diversas condiciones fisiológicas y patológicas.

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