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Mayor accesibilidad a las bases de datos sobre proteómica

La proteómica, que consiste en el estudio de las proteínas a gran escala, podría incrementar de forma radical el conocimiento sobre estos componentes fundamentales de la totalidad de los organismos vivos. Un proyecto auspiciado por la Unión Europea desarrolló un portal único desde el que acceder a la información —actualmente fragmentada— relativa a este campo.
Mayor accesibilidad a las bases de datos sobre proteómica
La proteómica consiste en el estudio del proteoma, a saber, el conjunto completo de proteínas producidas por un organismo en toda su complejidad. De cara a comprender los aspectos biológicos relacionados con una proteína individual en el medio celular, resulta necesario conocer las moléculas con las que interactúa.

Los datos referentes a la interacción de las proteínas se generan a partir de múltiples métodos. El cometido de las numerosas bases de datos centradas en dicha interacción que se encuentran actualmente en funcionamiento consiste en compilar esta información. El consorcio «International Molecular Exchange» (IMEx) se ocupó de optimizar los servicios que estas plataformas ofrecen a la comunidad científica. Esta iniciativa incorporó la gestión de las tareas de conservación para producir un conjunto único de datos no redundantes y anotados de manera sistemática para obtener un estándar uniforme de gran calidad.

Recientemente, el proyecto PSIMEX (Proteomics standards international molecular exchange - systematic capture of published molecular interaction data), financiado por la UE, dio un paso más al propiciar la transición del IMEx de la etapa de exploración a la de producción plena de información. PSIMEX desarrolló un portal desde el que acceder a datos agregados sobre la interacción de proteínas que se encuentran almacenados en repositorios de toda Europa.

A finales de agosto de 2013, IMEx incluía diez bases de datos que ofrecían información sobre 284 402 interacciones extraída de 8 067 publicaciones. La base de datos central de IMEx asignó identificadores propios a cada publicación. Una sofisticada herramienta web para gestionar datos de modo que sean aptos para su reutilización y conservación hace posible que, mediante recursos nuevos, se realice esa labor de conservación a nivel de IMEx directamente en IntAct, una base de datos de código abierto sobre interacción molecular utilizada por PSIMEX. Se puede acceder a la totalidad de los datos bien a través de una página web central o bien de forma local en los portales de los diferentes miembros que participan en la base de datos. Toda la información y los programas informáticos se encuentran disponibles de manera gratuita para su uso por parte de la comunidad científica bajo una licencia Creative Commons.

PSIMEX también respaldó una serie de talleres destinados a formar a los asistentes sobre cómo utilizar los datos en análisis de redes a gran escala. Gracias a diversos módulos de enseñanza, tutoriales e instrucciones en línea se proporciona la preparación necesaria a los nuevos usuarios.

El mayor nivel de accesibilidad a datos proteómicos derivado de la labor de PSIMEX beneficiará a los sectores de la salud pública y la agricultura europea al favorecer el desarrollo de nuevos fármacos, biocéuticos y pesticidas.

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Palabras clave

Proteómica, base de datos, molecular, conservación, publicación
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