Wspólnotowy Serwis Informacyjny Badan i Rozwoju - CORDIS

Znaczenie białek bakterii jelitowych dla zdrowia

Informacje na temat funkcji białek mogą dostarczyć danych terapeutycznych i diagnostycznych niezbędnych do leczenia wielu chorób. W ramach projektu finansowanego ze środków UE opracowano narzędzie do przewidywania funkcji białek, mogące pomóc w leczeniu choroby Leśniowskiego-Crohna.
Znaczenie białek bakterii jelitowych dla zdrowia
Narzędzie zwane SIFTER, czyli statystyczne przewidywanie funkcji na podstawie związków ewolucyjnych, opiera analizę funkcji danego białka na ewolucji całej jego rodziny. Model opracowany w ramach projektu SIFTERMETAGENOMICS ("Functional annotation of microbial communities in human health and in the environment") w przewidywaniu funkcji białka bierze pod uwagę różne cechy białek ewolucyjnie należących do tej samej rodziny.

Istotne okazały się czynniki takie jak ewolucja jednej funkcji w inną, już istniejącą w tej samej rodzinie, szacunkowa mutagenność pary funkcji cząsteczkowych, odstęp ewolucyjny w drzewie genealogicznym oraz zdarzenie, które doprowadziło do powstania funkcji – powstanie gatunku lub duplikacja genu.

Według oceny CAFA ("Critical Assessment of Function protein Annotation") SIFTER znalazł się w pierwszej dziesiątce najlepszych algorytmów według "Nature Methods" w 2013 roku. I na tym nie koniec. Otóż SIFTER może również posłużyć do badań nad chorobą Leśniowskiego-Crohna.

Naukowcy ustalili, że choroba Leśniowskiego-Crohna ma związek z zaburzeniem równowagi ekosystemu bakterii jelitowych. Badacze sporządzili 165 profili rybosomalnych pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna oraz pacjentów z grupy kontrolnej (w obu wykonano zabieg chirurgiczny lub kolonoskopię). Profile pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna pokazały, że flora bakteryjna u pacjentów w fazie remisji była bardziej podobna do tej w grupie kontrolnej aniżeli w grupie pacjentów z nawrotem choroby.

Co więcej, u pacjentów, u których stan remisji utrzymywał się, stwierdzono większą stabilność białek bakterii jelitowych. Analizy białkowe SIFTERMETAGENOMICS wykazały, że profilowanie jelitowej flory bakteryjnej może pomóc w prognozowaniu skuteczności leczenia pacjentów z chorobą Leśniowskiego-Crohna poddanych zabiegowi chirurgicznemu.

Zastosowanie narzędzia SIFTER jest zgodne z inicjatywami typu CAGI ("Critical assessment of genome interpretation"). Celem doświadczenia CAGI, w którym udział biorą naukowcy z całej wspólnoty europejskiej, jest ocena metod obliczeniowych stosowanych do celów prognozowania efektów fenotypowych modyfikacji w obrębie genomu. Doświadczenie CAGI jest więc doskonałym narzędziem do analizy danych na temat choroby Leśniowskiego-Crohna. Nie dziwi więc fakt, że przy okazji ostatniej konferencji wpłynęło aż 56 referatów na temat tej choroby.

Wyniki uzyskane dzięki CAGI oraz projektom takim jak SIFTERMETAGENOMICS sprawią, że zarówno badacze, jak i doradcy docenią niezawodność metod prognozowania wariantów oraz ich właściwego zastosowania.

Powiązane informacje

Śledź nas na: RSS Facebook Twitter YouTube Zarządzany przez Urząd Publikacji UE W górę