La structure tridimensionnelle des protéines
Le projet SPSS («Searching protein structure space»), financé par l'UE, a rempli ce besoin à l'aide d'un paradigme innovant de «filtrage-affinage» sur de grands ensembles de données. Pour une récupération rapide et précise des données sur les similarités structurelles, les méthodes de filtre doivent être indexables. Des heuristiques d'alignement structurel ont été utilisées pour identifier les candidats les plus prometteurs pendant l'étape d'affinage des résultats. Les membres du projet ont conçu et validé avec succès la nouvelle méthode de filtre FragBag dans laquelle les protéines sont représentées en fonction des fragments de leur épine dorsale. L'analyse de la courbe de caractéristique de fonctionnement du récepteur a validé la méthode FragBag en matière de précision. Les comparaisons avec d'autres méthodes de filtre telles que SGM, STRUCTAL et PRIDE ont montré la supériorité de FragBag en termes de vitesse et de précision. De plus, cette méthode permet la prévision de structure car une structure est représentée comme un ensemble de sous-structures. Des vecteurs à taille fixe permettent une représentation spatiale de la structure en 3D. Les chercheurs du projet SPSS ont fait apparaître des propriétés fondamentales non décrites auparavant en établissant une cartographie des protéines pour étudier leur répartition dans l'espace, ainsi que leur diversité structurelle et fonctionnelle. Une découverte clé a été que la diversité fonctionnelle varie de manière considérable dans l'espace de la structure. Les membres du projet SPSS ont créé un outil innovant pour l'étude et la description des structures de protéine dans leurs dimensions spatiales. À l'avenir, les chercheurs pourront étudier l'évolution des protéines et la relation structure-fonction à l'aide de ce nouvel outil unique.
Mots‑clés
Protéine, banque de données, système de recherche, requête structurelle, indexable, filtre FragBag, prédiction de structure, vecteur, représentation spatiale, cartographie, relation structure-fonction
