Les micro-organismes et les processus biogéochimiques
Les études biogéochimiques traditionnelles portent sur la culture et l'analyse des microorganismes hors de leur environnement naturel. Mais ces microbes cultivés ne représentent qu'une infime partie (moins de 1 %) de la diversité réelle existante. Heureusement, les progrès réalisés en technologie de séquençage de génome sont considérables, permettant aux scientifiques d'étudier la diversité des microorganismes non cultivés et leur rôle dans les processus biogéochimiques. FUNDIVERSITY a utilisé une technologie de séquençage de génome pour étudier le rôle des bactéries marines provenant d'un écosystème du golfe de Gascogne Des échantillons ont été régulièrement prélevés sur le site d'étude afin d'examiner les variables physiques, chimiques et biologiques. Les chercheurs ont examiné si des populations de microorganismes différentes étaient uniques ou si elles jouaient un rôle similaire dans un écosystème. Cette similitude de rôle est appelée redondance. Des outils analytiques de pointe, comme la métagénomique et le pyroséquençage, ont été utilisés pour analyser la structure des bactéries. Les partenaires du projet ont testé si la diversité des bactéries évoluait au fil des saisons et si ces changements étaient liés à des paramètres environnementaux ou biologiques. Les scientifiques ont ensuite examiné si ces changements avaient une incidence sur le cycle biogéochimique. D'après les résultats obtenus, il est possible de prévoir avec précision une grande proportion des populations de bactéries selon leurs conditions environnementales. Ceux-ci ont également indiqué le niveau de redondance dans cet écosystème côtier. Les chercheurs ont réussi à mettre en corrélation un grand nombre de populations de bactéries avec la température, la concentration de nutriments et le mélange de colonnes d'eau. Cela a fourni des indications quant au rôle des populations microbiennes dans l'écosystème. Les chercheurs ont examiné si certains processus d'écosystème représentaient une stratégie métabolique commune parmi différents types de microorganismes. Ils ont aussi identifié les principales populations bactériennes impliquées dans l'échantillonnage biogéochimique sur le site d'étude. Les travaux du projet FUNDIVERSITY portant sur l'identification des microorganismes et leurs caractéristiques écologiques aideront les scientifiques à mieux comprendre leur rôle dans le cycle biogéochimique. Ils contribueront également à améliorer les prévisions de modèles et d'avoir une vision plus claire de la façon dont les écosystèmes marins réagissent au réchauffement de la planète.
Mots‑clés
Microorganisme, processus biogéochimique, cycle biogéochimique, diversité, écosystème, redondance fonctionnelle, bactérie marine, séquençage de génome, métagénomique, pyroséquençage, stratégie métabolique