Długie niekodujące RNA - ważne w rozwoju układu nerwowego
Pomimo obszernych dowodów na udział ncRNA w rozwoju CNS, w toku badań nie utworzono systemowej analizy roli, jaką odgrywają. W ramach projektu LNCRNADROCNS przeprowadzono szczegółowe badania ekspresji długiego ncRNA (lncRNA) i jego lokalizacji podczas rozwoju w CNS muszki owocówki. Naukowcy wykorzystali ciała grzybkowate (MB) - strukturę stosowaną do tworzenia pamięci - aby zbudować system modelowy. LNaukowcy opracowali protokół oczyszczania typu neuronu MB, znanego jako komórki Kenyona (KC). Używając KC larw i dorosłych much, zespół poddał RNA poliadenylowane głębokiemu sekwencjonowaniu, kontrolując je za pomocą reszty neuronów znajdujących się w mózgu. We współpracy z laboratorium Harvardu porównano wyniki z danymi sekwencyjnymi pobranymi z różnych linii much oraz neuronów oktopaminergicznych. Dane zostały przeanalizowane przez LNCRNADROCNS oraz laboratoria w Oksfordzie i Edynburgu. Razem opracowali procedurę łączącą de novo i zespoły wspomagane genomem, które następnie poddawane są obszernemu filtrowaniu. Wyniki badania wykazały, że dane pochodzące z projektu i dane z Harvardu w dużym stopniu się pokrywają, co potwierdza ich wiarygodność. Ponadto zostało to potwierdzone faktem, że dane pozyskane z neuronów oktopaminergicznych nie pokrywały się w znaczącym stopniu z wynikami projektu. Na podstawie ilości MB lub wysokich poziomów transkrypcji naukowcy wybrali ostateczne 44 lncRNA z puli 200 nowych intergenicznych oraz niemal 1000 wcześniej zidentyfikowanych lncRNA. Wyniki projektu sugerują, że lncRNA odgrywają specjalną rolę w rozwoju CNS, prawdopodobnie wpływając nawet na jego funkcjonowanie. Ze względu na złożoność tkanki i trudności techniczne konieczne będzie przeprowadzenie dodatkowych prac, mających na celu zidentyfikowanie dokładnej funkcji tych transkrypcji. Aby to osiągnąć, przyszłe badania będą musiały skupić się na wykryciu małych ilości molekuł RNA w mózgu muszki owocówki.
Słowa kluczowe
Długie niekodujące RNA, CNS, LNCRNADROCNS, ciałko grzybkowate, komórka Kenyona