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A novel systems biology approach to develop preclinical assets from innovative drug discovery starting points inspired by viruses

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Comprendre l’évolution du virus pour produire de nouveaux types de médicaments

Un système radicalement neuf pour la découverte de médicaments s’inspire de la manière dont les virus interagissent avec les cellules humaines depuis des millions d’années.

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Les virus ont appris, durant des millions d’années d’évolution, à identifier la meilleure manière d’envahir une cellule humaine. Ils procèdent en engageant les protéines humaines intracellulaires clés pour leur propre bénéfice. Le projet MIMESIS, financé par l’UE, s’est appuyé sur cette connaissance pour mettre au point une nouvelle manière d’identifier des médicaments afin de lutter contre des maladies. «Nous avons pensé que, si nous pouvons comprendre ce fonctionnement, nous pourrions peut-être trouver de nouvelles solutions basées sur l’hôte pour contrer les virus plutôt que de recourir à des antiviraux directs», déclare le Dr Jacky Vonderscher, PDG et cofondateur d’ENYO Pharma à Lyon, en France. Cette initiative a été testée avec la grippe. «Nous avons trouvé une famille de protéines humaines très intéressante appelée les protéines NEET. Lorsque nous les bloquons, le virus de la grippe ne se réplique plus dans ces cellules.» Cibler l’hôte «Cibler les protéines hôtes est vraiment innovant», explique le Dr Vonderscher, «car moduler les fonctions hôtes en imitant les virus peut être utile non seulement contre les virus mais aussi contre d’autres bactéries et types de maladies». L’équipe a découvert un petit modulateur moléculaire de cette famille de protéines NEET qui est intéressante dans les maladies métaboliques comme le diabète, et en lien avec l’oncologie. La perspective d’une application plus large signifie que la précédente approche inexplorée basée sur l’hôte pourrait constituer un point de départ révolutionnaire dans la découverte de médicaments pour de nombreuses maladies négligées ou lorsque les besoins de traitement ne sont pas encore satisfaits. Elle permet également de diversifier les outils de traitement afin de contrer l’émergence de souches résistantes aux médicaments. Une bibliothèque de paires protéines humaines-peptides viraux Un financement de l’UE a permis d’intensifier l’approche. Le projet a d’abord développé une bibliothèque unique de centaines de paires de peptides — depuis les protéines virales et bactériennes qui se lient aux protéines humaines — et a ensuite examiné près de 10 000 des petites substances chimiques dérivées des peptides, en recourant à des essais fonctionnels, «pour voir si elles sont actives contre quatre virus et deux autres maladies», poursuit le Dr Vonderscher. Les virus étaient: la grippe; le virus respiratoire syncytial ou VRS qui est une dangereuse maladie respiratoire chez les nourrissons et les enfants en bas âge; le virus Zika qui peut causer des malformations congénitales dont la microcéphalie, ou une tête et un cerveau de petite taille; et le rhinovirus humain qui entraîne notamment le rhume commun. «Nous cherchons à ce que la cellule soit infectée par le virus et vérifions si notre outil bloquait l’infection», dit-il. L’équipe a examiné quelques virus et a également étudié des bactéries, comme la bactérie de la tuberculose (TB). «Nous savons que durant l’évolution, à une étape, toutes ces bestioles utilisaient le même type de méthodologie ou de voie», explique-t-il. Les cellules liées à la mort cellulaire immunogène dans le cancer du sein triple négatif ont également été analysées. Les chercheurs ont identifié un nombre sans précédent de molécules actives. «Nous avions un taux de réussite compris entre 5 % et 15%, ce qui est remarquable — un véritable succès.» En général, le taux de réussite d’un million d’analyses de composés atteint moins de 1 %. L’examen a trouvé 15 résultats en tout. «De ces résultats, nous sélectionnons actuellement des conducteurs tels que le VRS, Zika et la TB, et ensuite, nous commencerons à optimiser les molécules pour les rendre plus fortes», conclut le Dr Vonderscher. Les autres seront développées avec les partenaires, alors que quelques grandes sociétés pharmaceutiques font déjà part de leur intérêt pour cette approche innovante.

Mots‑clés

MIMESIS, santé, produits pharmaceutiques, molécules, diabète, immunologie, cancer du sein, oncologie, évolution, virus, bactérie, virus Zika, grippe, rhume commun, VRS, maladie respiratoire

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