Mycobiomes intérieurs en Norvège
Les champignons se trouvent partout dans le monde naturel. Notamment dans les bâtiments habités où les communautés fongiques sont connues comme des mycobiomes intérieurs. Partout où il y a de l’humidité, les champignons peuvent se développer, ce qui peut au mieux être une nuisance et au pire affecter la santé humaine. La géographie et le climat se sont révélés être des déterminants importants des mycobiomes intérieurs. La Norvège possède un gradient climatique particulièrement marqué, ce qui en fait un endroit intéressant pour l’étude des communautés fongiques, tant intérieures qu’extérieures. Les méthodes traditionnelles comprennent le développement de champignons dans des cultures et l’utilisation de microscopes. Mais celles-ci ont leurs limites, notamment le fait que même avec les progrès réalisés dans les techniques de culture, seulement 1 % des microbes sont cultivables. Le projet MycoIndoor, entrepris avec le soutien des actions Marie Skłodowska-Curie, s’est tourné vers une technologie de pointe appelée séquençage à haut débit (HTS) pour surmonter ce problème. Le HTS est particulièrement utile pour caractériser les communautés microbiennes présentes dans les échantillons d’environnement, par exemple la poussière et l’air des bâtiments. Le projet avait trois objectifs principaux: construire une base de données de séquences d’ADN pour des champignons intérieurs cultivables répandus en Norvège; analyser les variations dans le mycobiome intérieur dans les bâtiments; et caractériser les changements géographiques à une plus grande échelle, en Norvège. Cela permet de découvrir les moteurs environnementaux de certains groupes de champignons.
Études scientifiques citoyennes
L’équipe s’est tournée vers les scientifiques citoyens afin de l’aider à identifier des endroits à étudier et à trouver un ensemble de bâtiments dispersés géographiquement (maisons et écoles maternelles). «L’étude scientifique citoyenne principale qui comprenait 271 maisons nous a permis de dévoiler les principaux facteurs façonnant les mycobiomes intérieurs en Norvège», déclare Håvard Kauserud, professeur chargé de recherche à l’Université d’Oslo et superviseur du projet MycoIndoor. Ils ont découvert que les facteurs climatiques régionaux affectaient grandement les mycobiomes tant intérieurs qu’extérieurs, en raison d’un afflux de spores provenant de sources extérieures. En outre, les caractéristiques des bâtiments étudiés et de leurs occupants ont également influencé les mycobiomes intérieurs. «Deux groupes fongiques caractéristiques ont principalement défini les mycobiomes intérieurs: les moisissures bien connues (Penicillium, Aspergillus et Botrytis) qui colonisent les matériaux de construction et les aliments, et diverses levures associées à la peau humaine (Malassezia, Debaryomyces, Candida et Rhodotorula)», explique Pedro Martin-Sanchez, chercheur à l’Université d’Oslo et chercheur principal du projet MycoIndoor. La majorité de ces espèces indicatrices intérieures ont été précédemment signalées comme étant de potentiels champignons allergènes. Par opposition, les mycobiomes extérieurs étaient clairement enrichis de champignons de roches qui comprennent des champignons formant des lichens (Lecanorales) et des champignons noirs microcoloniaux (Chaetothyriales et Capnodiales). Ces groupes de champignons sont bien connus pour leur tolérance multi-stress et leur prévalence dans divers environnements extérieurs comme les roches et les bâtiments.
Une bibliothèque de nouvelles connaissances
L’équipe a développé une collection de séquences d’ADN détaillées, à partir des échantillons environnementaux et des isolats de référence, qui peuvent être utilisées par d’autres chercheurs pour étudier les champignons intérieurs. Les connaissances acquises par le projet MycoIndoor auront un impact important sur les domaines scientifiques associés (microbiologie de l’environnement bâti, l’écologie fongique et l’exposition humaine), ainsi que sur les activités commerciales associées à la microbiologie du bâtiment et la détérioration des matériaux. «Ce projet fournit des informations de base sur les champignons que l’on trouve dans les bâtiments des régions tempérées et boréales. En comparant ces données, il peut être possible de détecter plus facilement les “bâtiments malades”, c’est-à-dire les bâtiments qui dévient pour certaines raisons, par exemple, après des dégâts des eaux l’apparition de champignons qui en résulte», explique Pedro Martin-Sanchez. «Comme étape suivante, les informations sur la santé des habitants pourraient également être vérifiées comparativement aux mycobiomes intérieurs (champignons et bactéries). Le projet constitue une étape vers un profilage des mycobiomes davantage automatisé dans les bâtiments», a déclaré Håvard Kauserud.
Mots‑clés
MycoIndoor, climat, extérieur, intérieur, mycobiome, spores, sources, bâtiments
