Imaging Brain Circuits to Decode Brain Computations: Multimodal Multiscale Imaging of Cortical Microcircuits to Model Predictive Coding in Human Vision

Informations projet

MULTICONNECT

N° de convention de subvention: 639938

DOI 10.3030/639938

Projet clôturé

Date de signature de la CE 11 Mai 2015

Date de début 1 Juin 2015

Date de fin 30 Novembre 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 500 000,00

Contribution de l’UE € 1 500 000,00

Coordonné par

UNIVERSITEIT MAASTRICHT
Netherlands

Publications

Other (3)

Monte Carlo Simulation of Diffusion MRI in geometries constructed from two-photon microscopy of cortical gray matter

Auteurs: Alard Roebroeck; Nima Gilani; Anna Schueth; Sven Hildebrand
Publié dans: Numéro 2, 2019
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/626945

MESMERISED: Super-accelerated 7 T STEAM imaging for quantitative multi-contrast and diffusion MRI

Auteurs: F.J. Fritz, B.A. Poser, A. Roebroeck
Publié dans: 2020
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.05.15.098269

Fast quantification of uncertainty in non-linear diffusion MRI models for artifact detection and more power in group studies

Auteurs: Robbert L. Harms; Sanne Schoenmakers; Alard J. Roebroeck; Francisco J. Fritz
Publié dans: Numéro 1, 2019
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/651547

Peer reviewed articles (15)

hFRUIT: An optimized agent for optical clearing of DiI-stained adult human brain tissue

Auteurs: Sven Hildebrand, Anna Schueth, Klaus von Wangenheim, Christian Mattheyer, Francesco Pampaloni, Hansjürgen Bratzke, Alard F. Roebroeck, Ralf A. W. Galuske
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-66999-3

Compressed Sensing Diffusion Spectrum Imaging for Accelerated Diffusion Microstructure MRI in Long-Term Population Imaging

Auteurs: Alexandra Tobisch, Rüdiger Stirnberg, Robbert L. Harms, Thomas Schultz, Alard Roebroeck, Monique M. B. Breteler, Tony Stöcker
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, Numéro 12, 2018, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fnins.2018.00650

Robust and fast nonlinear optimization of diffusion MRI microstructure models

Auteurs: R.L. Harms, F.J. Fritz, A. Tobisch, R. Goebel, A. Roebroeck
Publié dans: NeuroImage, Numéro 155, 2017, Page(s) 82-96, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2017.04.064

Determining Excitatory and Inhibitory Neuronal Activity from Multimodal fMRI Data Using a Generative Hemodynamic Model

Auteurs: Martin Havlicek, Dimo Ivanov, Alard Roebroeck, Kamil Uludağ
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, Numéro 11, 2017, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fnins.2017.00616

High resolution anatomical and quantitative MRI of the entire human occipital lobe ex vivo at 9.4 T

Auteurs: S. Sengupta, F.J. Fritz, R.L. Harms, S. Hildebrand, D.H.Y. Tse, B.A. Poser, R. Goebel, A. Roebroeck
Publié dans: NeuroImage, 2017, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2017.03.039

On the importance of modeling fMRI transients when estimating effective connectivity: A dynamic causal modeling study using ASL data

Auteurs: Martin Havlicek, Alard Roebroeck, Karl J. Friston, Anna Gardumi, Dimo Ivanov, Kamil Uludag
Publié dans: NeuroImage, Numéro 155, 2017, Page(s) 217-233, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2017.03.017

T1 relaxometry of crossing fibres in the human brain

Auteurs: Silvia De Santis, Yaniv Assaf, Ben Jeurissen, Derek K Jones, Alard Roebroeck
Publié dans: NeuroImage, Numéro 141, 2016, Page(s) 133-142, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2016.07.037

A Specialized Multi-Transmit Head Coil for High Resolution fMRI of the Human Visual Cortex at 7T

Auteurs: Shubharthi Sengupta, Alard Roebroeck, Valentin G. Kemper, Benedikt A. Poser, Jan Zimmermann, Rainer Goebel, Gregor Adriany
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 11/12, 2016, Page(s) e0165418, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0165418

Ultra-High Field MRI Post Mortem Structural Connectivity of the Human Subthalamic Nucleus, Substantia Nigra, and Globus Pallidus

Auteurs: Birgit R. Plantinga, Alard Roebroeck, Valentin G. Kemper, Kâmil Uludağ, Maartje Melse, Jürgen Mai, Mark L. Kuijf, Andreas Herrler, Ali Jahanshahi, Bart M. ter Haar Romeny, Yasin Temel
Publié dans: Frontiers in Neuroanatomy, Numéro 10, 2016, ISSN 1662-5129
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fnana.2016.00066

Including diffusion time dependence in the extra-axonal space improves in vivo estimates of axonal diameter and density in human white matter

Auteurs: Silvia De Santis, Derek K. Jones, Alard Roebroeck
Publié dans: NeuroImage, Numéro 130, 2016, Page(s) 91-103, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2016.01.047

Automatic Segmentation of Human Cortical Layer-Complexes and Architectural Areas Using Ex vivo Diffusion MRI and Its Validation

Auteurs: Matteo Bastiani, Ana-Maria Oros-Peusquens, Arne Seehaus, Daniel Brenner, Klaus Möllenhoff, Avdo Celik, Jörg Felder, Hansjürgen Bratzke, Nadim J. Shah, Ralf Galuske, Rainer Goebel, Alard Roebroeck
Publié dans: Frontiers in Neuroscience, Numéro 10, 2016, ISSN 1662-453X
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fnins.2016.00487

Robust and Fast Markov Chain Monte Carlo Sampling of Diffusion MRI Microstructure Models

Auteurs: Robbert L. Harms, Alard Roebroeck
Publié dans: Frontiers in Neuroinformatics, Numéro 12, 2018, ISSN 1662-5196
Éditeur: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fninf.2018.00097

Ultra-high resolution and multi-shell diffusion MRI of intact ex vivo human brains using kT-dSTEAM at 9.4T

Auteurs: F.J. Fritz, S. Sengupta, R.L. Harms, D.H. Tse, B.A. Poser, A. Roebroeck
Publié dans: NeuroImage, Numéro 202, 2019, Page(s) 116087, ISSN 1053-8119
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.neuroimage.2019.116087

Ex vivo diffusion MRI of the human brain: Technical challenges and recent advances

Auteurs: Alard Roebroeck, Karla L. Miller, Manisha Aggarwal
Publié dans: NMR in Biomedicine, Numéro 32/4, 2018, Page(s) e3941, ISSN 0952-3480
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/nbm.3941

Curvilinear locus coeruleus functional connectivity trajectories over the adult lifespan: a 7T MRI study

Auteurs: Heidi I.L. Jacobs, Lisa Müller-Ehrenberg, Nikos Priovoulos, Alard Roebroeck
Publié dans: Neurobiology of Aging, Numéro 69, 2018, Page(s) 167-176, ISSN 0197-4580
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.neurobiolaging.2018.05.021

Non-peer reviewed articles (2)

Scalable cytoarchitectonic characterization of large intact human neocortex samples

Auteurs: Roebroeck, Alard; Galuske, Ralf; Herrler, Andreas; Schueth, Anna; Hildebrand, Sven
Publié dans: Nature Scientific Reports, Numéro 1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/274985

The mesoSPIM initiative: open-source light-sheet mesoscopes for imaging in cleared tissue

Auteurs: Fabian F. Voigt, Daniel Kirschenbaum, Evgenia Platonova, Stéphane Pagès, Robert A. A. Campbell, Rahel Kästli, Martina Schaettin, Ladan Egolf, Alexander van der Bourg, Philipp Bethge, Karen Haenraets, Noémie Frézel, Thomas Topilko, Paola Perin, Daniel Hillier, Sven Hildebrand, Anna Schueth, Alard Roebroeck, Botond Roska, Esther Stoeckli, Roberto Pizzala, Nicolas Renier, Hanns Ulrich Zeilhofer,
Publié dans: Nature Methods, 2020, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/577122