Single-cell temporal tracking of epigenetic DNA marks

Projektinformationen

EpiTrack

ID Finanzhilfevereinbarung: 742654

DOI 10.3030/742654

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 21 April 2017

Startdatum 1 September 2017

Enddatum 28 Februar 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 2 499 875,00

EU-Beitrag € 2 499 875,00

Koordiniert durch

VILNIAUS UNIVERSITETAS
Lithuania

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (12)

Methyltransferase-directed orthogonal tagging and sequencing of miRNAs and bacterial small RNAs

Autoren: Milda Mickutė, Kotryna Kvederavičiūtė, Aleksandr Osipenko, Raminta Mineikaitė, Saulius Klimašauskas, Giedrius Vilkaitis
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 19/1, 2021, Seite(n) 129, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-021-01053-w

Enzymatic hydroxylation and excision of extended 5-methylcytosine analogues

Autoren: Miglė Tomkuvienė, Diana Ikasalaitė, Anton Slyvka, Audronė Rukšėnaitė, Mirunalini Ravichandran, Tomasz P. Jurkowski, Matthias Bochtler, Saulius Klimašauskas
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 423, 2020, Seite(n) 6157-6167, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2020.10.011

Selective chemical tracking of Dnmt1 catalytic activity in live cells.

Autoren: V. Stankevičius, P. Gibas, B. Masiulionytė, L. Gasiulė, V. Masevičius, S. Klimašauskas, G. Vilkaitis
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82, 2022, Seite(n) 1053-1065, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.02.008

Alleviation of C⋅C Mismatches in DNA by the Escherichia coli Fpg Protein

Autoren: Almaz Nigatu Tesfahun, Marina Alexeeva, Miglė Tomkuvienė, Aysha Arshad, Prashanna Guragain, Arne Klungland, Saulius Klimašauskas, Peter Ruoff, Svein Bjelland
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 608839, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2021.608839

Distribution and regulatory roles of oxidized 5-methylcytosines in DNA and RNA of the Basidiomycete fungi Laccaria bicolor and Coprinopsis cinerea.

Autoren: J. Ličytė, K. Kvederavičiūtė, A. Rukšėnaitė, E. Godliauskaitė, P. Gibas, V. Tomkutė, G. Petraitytė, V. Masevičius, S. Klimašauskas, E. Kriukienė
Veröffentlicht in: Open Biology, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2046-2441
Herausgeber: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.20160049

Repurposing enzymatic transferase reactions for targeted labeling and analysis of DNA and RNA

Autoren: Miglė Tomkuvienė, Milda Mickutė, Giedrius Vilkaitis, Saulius Klimašauskas
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe 55, 2019, Seite(n) 114-123, ISSN 0958-1669
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2018.09.008

Animal Hen1 2′-O-methyltransferases as tools for 3′-terminal functionalization and labelling of single-stranded RNAs

Autoren: Milda Mickutė, Milda Nainytė, Lina Vasiliauskaitė, Alexandra Plotnikova, Viktoras Masevičius, Saulius Klimašauskas, Giedrius Vilkaitis
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/17, 2018, Seite(n) e104-e104, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky514

An Adversarial DNA N6-Methyladenine-Sensor Network Preserves Polycomb Silencing

Autoren: Soo-Mi Kweon, Yibu Chen, Eugene Moon, Kotryna Kvederaviciutė, Saulius Klimasauskas, Douglas E. Feldman
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 74, 2019, Seite(n) 1138-1147.e6, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.03.018

Precise genomic mapping of 5-hydroxymethylcytosine via covalent tether-directed sequencing

Autoren: Povilas Gibas, Milda Narmontė, Zdislav Staševskij, Juozas Gordevičius, Saulius Klimašauskas, Edita Kriukienė
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 18, 2020, Seite(n) e3000684, ISSN 1544-9173
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000684

Enhanced nucleosome assembly at CpG sites containing an extended 5-methylcytosine analogue

Autoren: Miglė Tomkuvienė, Markus Meier, Diana Ikasalaitė, Julia Wildenauer, Visvaldas Kairys, Saulius Klimašauskas, Laura Manelytė
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 50, 2022, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac444

FANCD2 maintains replication fork stability during misincorporation of the DNA demethylation products 5-hydroxymethyl-2’-deoxycytidine and 5-hydroxymethyl-2’-deoxyuridine.

Autoren: María José Peña-Gómez, Paula Moreno-Gordillo, Milda Narmontė, Clara B. García-Calderón, Audronė Rukšėnaitė, Saulius Klimašauskas, Iván V. Rosado
Veröffentlicht in: Cell Death & Disease, Ausgabe 13/5, 2022, Seite(n) 503, ISSN 2041-4889
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41419-022-04952-0

One-pot trimodal mapping of unmethylated, hydroxymethylated and open chromatin sites unveils distinctive 5hmC roles at dynamic chromatin loci.

Autoren: K. Skardžiūtė, K. Kvederavičiūtė, I. Pečiulienė, M. Narmontė, P. Gibas, J. Ličytė, S. Klimašauskas, E. Kriukienė
Veröffentlicht in: Cell Chemical Biology, 2024, Seite(n) in press, ISSN 2451-9456
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chembiol.2023.12.003

Non-peer reviewed articles (1)

Meet the author: Vaidotas Stankevičius, Giedrius Vilkaitis, and Saulius Klimašauskas

Autoren: Vaidotas Stankevičius, Giedrius Vilkaitis, and Saulius Klimašauskas
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82/5, 2022, Seite(n) 879-881, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.02.019

Book chapters (1)

DNA Labeling Using DNA Methyltransferases

Autoren: Miglė Tomkuvienė, Edita Kriukienė, Saulius Klimašauskas
Veröffentlicht in: Advances in Experimental Medicine and Biology, Ausgabe 1389, 2022, Seite(n) 535–562, ISBN 978-3-031-11454-0
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-11454-0_19