La diversità delle proteine interagenti nel diabete di tipo 2
L’analisi genomica ha scoperto circa 100 loci collegati al T2D. Prove scientifiche suggeriscono inoltre che questi componenti genetici influenzano la trascrizione e non la funzione genica. Per massimizzare le applicazioni in ambiente clinico il progetto T2DCREBBP (Defining the molecular basis of type 2 diabetes predisposition through targeted sequencing of the CREBBP-interacting gene network) ha sviluppato nuovi metodi di analisi che hanno identificato e prioritizzato nuovi loci di suscettibilità a T2D. I ricercatori del progetto hanno applicato una pipeline di analisi delle reti per valutare la relazione tra l’associazione a T2D e le reti di interazioni proteina-proteina (PPi) associate ai geni. Le diverse serie analizzate hanno aggiunto un totale di oltre 70 000 casi e includevano dati da test dell’esoma e dati dal sequenziamento dell’esoma oltre a studi di associazione del genoma e dati dalle consuete analisi del genotipo. I risultati dell’analisi hanno mostrato l’esistenza di una serie di complessi di proteine arricchiti nei casi di T2D. Queste reti presentano proteine associate alla funzione respiratoria e alla regolazione della secrezione dell’insulina. Molto significativa è la scoperta di una proteina associata all’attivazione del recettore dell’insulina nel tessuto adiposo. Ciò fornisce un collegamento tra tessuto adiposo e T2D, e su questo argomento Nature sta attualmente revisionando un documento. I ricercatori hanno sequenziato un totale di circa 55 000 esomi, creando una delle più grandi serie disponibili di dati sull’esoma. Analisi congiunte permetteranno ulteriori test della sovrapposizione tra la variazione nella sequenza di codificazione e l’aumento di PPi e la valutazione del collegamento tra l’aggregazione dei segnali delle varianti rare e la patogenesi. Aumentando il potenziale predittivo di nuove reti il team T2DCREBBP ha sviluppato un quadro di analisi delle PPi più completo. La metodologia è inoltre applicabile ad altre malattie complesse. L’attività del progetto ha migliorato significativamente la base di conoscenza per T2D, una malattia con un pesante carico sociale ed economico nell’UE.
Parole chiave
Diabete di tipo 2, T2D, T2DCREBBP, interazioni proteina-proteina, esoma, insulina, malattie complesse
