Sonde migliori per il proteoma
Tra i leganti rientrano i frammenti di anticorpo e gli scaffold ingegnerizzati o gli aptameri (molecole di peptidi utilizzate per il legame a una specifica molecola bersaglio). Tra le applicazioni rilevanti per i leganti figurano i microarray per ordinare e analizzare informazioni acquisite da analisi, l’immaginografia a fluorescenza multidimensionale per lo studio della funzione biologica e la prossimità di ligazione, per osservare le interazioni tra proteine. Il progetto AFFINITYPROTEOME (Advanced affinity tools and technologies for high throughput studies of the human proteome), finanziato dall’UE, ha sviluppato metodi ricombinanti per generare leganti e potenziare applicazioni relative ad analisi di bersagli di proteoma umano. L’ottimizzazione è stata ottenuta mediante la produzione di leganti ad alta intensità di elaborazione e migliori tecnologie di applicazioni basate su legante, in relazione all’automazione, ai costi e alla qualità. Le attività di AFFINITYPROTEOME si sono concentrate sullo sviluppo di una pipeline per definire e produrre bersagli, selezionare leganti e stabilire metodi per la loro caratterizzazione e l’adattamento a sistemi applicativi. I ricercatori hanno affinato specifiche applicazioni tecniche, già in uso nelle indagini sulle interazioni di proteine in cellule fisse e viventi. Hanno analizzato la MAP-chinasi e le vie di trasduzione del segnale TGF-ß, compresi recettori, scaffold e fattori di trascrizione. Per le relative ricerche e lo sviluppo di farmaci, sono particolarmente necessari reagenti di legazione di alta qualità relativi a tali proteine, implicati in patologie come il cancro. Le proteine progettate con ripetizione di anchirina (DARPin) rappresentano un’alternativa agli anticorpi per il legame di bersaglio, nella scoperta e nello sviluppo di farmaci. Il team ha generato DARPin di altissima affinità e i risultati della ricerca sottolineano l’enorme potenziale delle DARPin in quanto nuova classe di inibitori intracellulari estremamente specifici di enzimi distinti. Essendo possibili molecole guida terapeutiche, le DARPin sono in grado di bloccare azioni di trasduzione del segnale di cellule specifiche nelle cellule viventi. Le PMI del consorzio hanno colto e sviluppato svariate opportunità commerciali, ad esempio migliori reagenti da commercializzare, progressi tecnici e accessori di prodotto. Il coordinatore ha fondato una nuova società specializzata in array di proteine. Sono stati pubblicati 37 documenti e testi originali, mentre altri sono in preparazione. Si sono svolte oltre 80 presentazioni in occasione di conferenze e laboratori di studio. I partner, nel favorire sia la ricerca che la divulgazione, hanno lavorato a stretto contatto con iniziative chiave simili negli Stati Uniti. I leganti generati nello studio AFFINITYPROTEOME presentano applicazioni in una varietà di patologie, tra cui malattie infettive e autoimmuni, trapianti, guarigione di ferite e vari tipi di cancro.
Parole chiave
Proteoma, legante, AFFINITYPROTEOME, cancro, DARPin
