Mejores marcadores para el proteoma
Entre los ligandos se incluyen fragmentos de anticuerpos y secuencias peptídicas generadas in vitro denominadas aptámeros, que consisten en moléculas peptídicas capaces de unirse a una molécula diana concreta. Estos ligandos se emplean en una serie de aplicaciones tecnológicas, como por ejemplo los microarrays (chips que permiten clasificar y analizar la información captada), las técnicas de imagen por fluorescencia multidimensional para el estudio de funciones biológicas y la hibridación por proximidad, que permite estudiar interacciones proteicas. El proyecto financiado por la Unión Europea AFFINITYPROTEOME (Advanced affinity tools and technologies for high throughput studies of the human proteome) desarrolló métodos de recombinación para crear nuevos ligandos y mejorar aplicaciones orientadas al análisis de proteomas humanos específicos. La optimización se logró empleando la producción a gran escala de ligandos y mejorando la automatización el coste y la calidad de las aplicaciones tecnológicas basadas en estos compuestos. El trabajo de AFFINITYPREOTEOME se centró primero en el diseño de un proceso para definir y producir dianas, seleccionar ligandos y desarrollar métodos para su caracterización y adaptación a los sistemas de aplicación. Seguidamente, los investigadores perfeccionaron este proceso para su implementación en aplicaciones técnicas específicas, que se emplearon posteriormente para estudiar interacciones proteicas en células in vitro e in vivo. El equipo del proyecto analizó las rutas de transducción de señales de la quinasa MAP y TGF-ß, en las que participan una plétora de proteínas entre las que se encuentran receptores, proteínas de anclaje y factores de transcripción. Estas rutas de señalización están relacionadas con enfermedades como el cáncer y, por tanto, el desarrollo de ligandos de gran calidad y especificidad para estas proteínas tiene una gran importancia para la investigación avanzada y el desarrollo de fármacos. Las proteínas con repeticiones de anquirina diseñadas (DARPins) son empleadas como alternativa a los anticuerpos para el anclaje específico a dianas terapéuticas en el descubrimiento y el desarrollo de fármacos. El equipo de AFFINITYPREOTEOME desarrolló DARPins de alta afinidad y los resultados de su evaluación resaltan el gran potencial de estos ligandos como un nuevo tipo de inhibidores intracelulares de alta especificidad para diferentes enzimas. Además, como posibles moléculas terapéuticas candidato, las DARPins son capaces de bloquear procesos específicos de señalización celular en células vivas. Las pymes del consorcio adoptaron y desarrollaron una serie de oportunidades comerciales. Estas incluyeron la producción de reactivos de gran calidad para su distribución y venta, avances técnicos y productos complementarios. La pyme responsable de la coordinación del proyecto fundó además una nueva filial especializada en arrays de proteínas. Hasta el momento se han publicado treinta y siete artículos y reseñas originales y varios más están en preparación. También se realizaron más de ochenta presentaciones en simposios y jornadas de trabajo. Al colaborar tanto en la investigación como la difusión de los resultados, los socios trabajaron estrechamente con iniciativas clave parecidas en los Estados Unidos. Los ligandos desarrollados por el proyecto AFFINITYPROTEOME pueden ser de gran utilidad tanto para toda una serie de patologías, incluyendo enfermedades infecciosas e autoinmunitarias y diferentes tipos de cáncer, como para diferentes procedimientos terapéuticos como los trasplantes y la cicatrización de heridas.
Palabras clave
Proteoma, ligando, AFFINITYPROTEOME, cáncer, DARPins
