Kartierung von Zuchtpotenzial bei Rindern
Hauptziel des europäischen Projekts BOVGEN war die Erstellung einer Karte des Rindergenoms, die dann mit vorhandenen bovinen Karten verglichen oder zusammengeführt werden kann. Dies wurde erreicht, indem eine Kombination von PCR-Primern (Polymerase-Kettenreaktion) und EST-Sequenzen (expressed sequence tags) verwendet wurde, die aus einem älteren EC-finanzierten Projekt stammten und mit anderen Partnerlaboren zusammen entwickelt worden waren. Für die Radiation-Hybrid-Kartierung wurde ein Verfahren verwendet, bei dem die Distanz zwischen den Sequenzen proportional zu strahleninduzierten Brüchen ist, welche wiederum relational zu ihrer tatsächlichen Distanz sind. Diese Methode hat den Vorteil, dass die Marker nicht wie bei konventionellen Karten polymorphisch sein müssen. Für das gesamte Rindergenom, bestehend aus 29 Autosomen sowie den X- und Y-Chromosomen, wurden Radiation Hybrid (RH)-Karten erstellt. Dabei wurden zwei unabhängige Karten erstellt. Mittels EST-Sequenzen wurden zuerst die Gesamtlänge des Genoms und die Markerabstände berechnet und anschließend mit der Kopplungskarte MARC 2004 verglichen. Um anschließend aus den EST-Sequenzen eine weitere Karte zu erstellen, produzierten Mikrosatelliten- und AFLP-Marker in der Illumina Bead Station mehr als 5.000 Marker. Die Kartierung der Marker erfolgte mittels Zwei-Punkt-Kopplungsanalyse anhand bereits bestimmter Sets von RH-Vektoren. Die erstellten Karten können zum weiteren Vergleich und zur Bearbeitung von Karten herangezogen werden, die mit anderen genetischen Verfahren erstellt wurden. In der Rinderzucht könnte dies das Verständnis der genetischen Hintergründe kommerziell relevanter Merkmale erleichtern.
