Description du projet
Simuler la dynamique moléculaire pour soutenir la recherche en biologie et en chimie
Les simulations de dynamique moléculaire (DM), largement utilisées, ont permis de réaliser de grandes avancées dans de nombreuses disciplines scientifiques. Des millions d’heures de supercalculateur sont consacrées à la compilation de données sur les trajectoires pour produire une multitude d’informations de simulation. Cependant, en raison de la faible tradition de partage des données et du manque d’infrastructures appropriées, la communauté reste dans l’incapacité de les analyser correctement. La conséquence de ce manque d’analyse est la perte de données. Dans ce contexte, le projet MDDB, financé par l’UE, concevra un référentiel de simulations de DM (et des outils d’analyse y afférents) à l’échelle européenne, qui sera intégré à la recherche en biologie et en chimie. Le projet optimisera les ressources informatiques, favorisera l’analyse (et la méta-analyse) des trajectoires pour plusieurs perspectives et domaines, et garantira un échange d’informations rapide et efficace entre les groupes.
Objectif
After decades of development and a Nobel prize, Molecular Dynamics (MD) has reached maturity. It is no longer an exotic technique used by a small group of theoreticians but rather a method extensively used by a very large community of users. Millions of supercomputer hours are devoted to collecting trajectories, thus producing a deluge of simulation data that the community is unable to handle. A poor tradition of data sharing and the lack of appropriate infrastructures to do so lead to the loss of data after limited analysis that most likely revealed only a small fraction of the information contained. Sparse initiatives to build trajectory repositories have encountered difficulties related to: i) the lack of trust of the community in the reliability of the data deposited; ii) the lack of interoperable standards and simulation ontologies; iii) uncertainties regarding the database technology required; v) difficulties of the users to interact in an open manner with the data; and vi) disconnection of the MD-field with neighboring communities. The MDDB projects intends to design a European-scale repository of MD simulation (and associated analysis tools), which will: i) optimize computational resources; ii) favor the analysis (and meta-analysis) of trajectories for many different perspectives and fields; iii) guarantee a fast and efficient interchange of information between groups; and iv) facilitate the integration of the MD simulation field into neighboring communities. The overall result will be a more efficient use of MD and the integration of the MD field into mainstream biology and chemistry research.
Champ scientifique
Mots‑clés
Programme(s)
Régime de financement
HORIZON-RIA - HORIZON Research and Innovation ActionsCoordinateur
08028 Barcelona
Espagne