Descripción del proyecto
Simulación de dinámica molecular para investigación en biología y química
Las simulaciones de dinámica molecular (DE, o MD por sus siglas en inglés) son ampliamente utilizadas y han dado como resultado grandes avances en muchas disciplinas científicas. Los superordenadores dedican millones de horas a recolectar trayectorias para producir cantidades de datos de simulación. Sin embargo, la comunidad no puede analizarlos de manera adecuada debido a la falta de intercambios de datos y de infraestructuras adecuadas. El resultado del análisis limitado es la pérdida de datos. En este contexto, el equipo del proyecto MDDB, financiado con fondos europeos, diseñará una base de datos a escala europea de simulación de DM (y herramientas de análisis asociadas) para integrarla en la investigación básica en biología y química. El equipo optimizará los recursos computacionales, favorecerá el análisis (y metaanálisis) de trayectorias para varias perspectivas y campos, y garantizará un intercambio de información rápido y eficiente entre grupos.
Objetivo
After decades of development and a Nobel prize, Molecular Dynamics (MD) has reached maturity. It is no longer an exotic technique used by a small group of theoreticians but rather a method extensively used by a very large community of users. Millions of supercomputer hours are devoted to collecting trajectories, thus producing a deluge of simulation data that the community is unable to handle. A poor tradition of data sharing and the lack of appropriate infrastructures to do so lead to the loss of data after limited analysis that most likely revealed only a small fraction of the information contained. Sparse initiatives to build trajectory repositories have encountered difficulties related to: i) the lack of trust of the community in the reliability of the data deposited; ii) the lack of interoperable standards and simulation ontologies; iii) uncertainties regarding the database technology required; v) difficulties of the users to interact in an open manner with the data; and vi) disconnection of the MD-field with neighboring communities. The MDDB projects intends to design a European-scale repository of MD simulation (and associated analysis tools), which will: i) optimize computational resources; ii) favor the analysis (and meta-analysis) of trajectories for many different perspectives and fields; iii) guarantee a fast and efficient interchange of information between groups; and iv) facilitate the integration of the MD simulation field into neighboring communities. The overall result will be a more efficient use of MD and the integration of the MD field into mainstream biology and chemistry research.
Ámbito científico
Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
HORIZON-RIA - HORIZON Research and Innovation ActionsCoordinador
08028 Barcelona
España