Fast Assay for Pathogen Identification and Characterisation

Projektinformationen

FAPIC

ID Finanzhilfevereinbarung: 634137

DOI 10.3030/634137

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 7 April 2015

Startdatum 1 Mai 2015

Enddatum 31 Oktober 2020

Finanziert unter

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Gesamtkosten € 5 999 997,00

EU-Beitrag € 5 999 997,00

Koordiniert durch

UNIVERSITE LYON 1 CLAUDE BERNARD
France

Leistungen

Documents, reports (3)

Clinical advice on relevant targets, samples, patient populations

Clinical advice on relevant targets, samples, patient populations.

Analysis of bacteremia pilot study teport

Analysis of bacteremia pilot study report.

Project handbook

Project handbook.

Other (2)

Sample collection B

Sample collection from known positive environmental samples and prescreen using method.

Randomized and blinded panels

Preparation of randomised and blinded panels for analysis of two extraction methods.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (15)

Extended-spectrum beta-lactamases and plasmid diversity in urinary isolates of Escherichia coli in Croatia: a nation-wide, multicentric, retrospective study

Autoren: Marija Krilanović, Maja Tomić-Paradžik, Tomislav Meštrović, Nataša Beader, Zoran Herljević, Rick Conzemius, Ivan Barišić, Jasmina Vraneš, Vesna Elveđi-Gašparović, Branka Bedenić
Veröffentlicht in: Folia Microbiologica, Ausgabe 65/4, 2020, Seite(n) 649-667, ISSN 0015-5632
Herausgeber: Academy of Sciences of the Czech Republic
DOI: 10.1007/s12223-019-00769-1

Epidemiology of colistin-resistant, carbapenemase-producing Enterobacteriaceae and Acinetobacter baumannii in Croatia

Autoren: Valentino D’Onofrio, Rick Conzemius, Dijana Varda-Brkić, Maja Bogdan, Andrea Grisold, Inge C. Gyssens, Branka Bedenić, Ivan Barišić
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 81, 2020, Seite(n) 104263, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104263

Audit of empirical antibiotic therapy for sepsis and the effect of multidisciplinary consultation on early antibiotic therapy changes and patient outcomes

Autoren: Valentino D’Onofrio, Agnes Meersman, Koen Magerman, Luc Waumans, Karlijn Van Halem, Jeroen Van der Hilst, Reinoud Cartuyvels, Peter Messiaen, Inge C Gyssens
Veröffentlicht in: International Journal of Antimicrobial Agents, Ausgabe Submitted, 2021, Seite(n) Submitted, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Elsevier

In-silico Design of DNA Oligonucleotides: Challenges and Approaches

Autoren: Ivan Barisic
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol 17, Iss , Pp 1056-1065 (2019), Ausgabe 1, 2019, Seite(n) 1056-1065, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2019.07.008

The Clinical Impact of Rapid Molecular Microbiological Diagnostics for Pathogen and Resistance Gene Identification in Patients With Sepsis: A Systematic Review

Autoren: Valentino D’Onofrio, Lene Salimans, Branka Bedenić, Reinoud Cartuyvels, Ivan Barišić, Inge C Gyssens
Veröffentlicht in: Open Forum Infectious Diseases, Ausgabe 7/10, 2020, ISSN 2328-8957
Herausgeber: Open Forum Infectious Diseases
DOI: 10.1093/ofid/ofaa352

Risk factors for mortality, ICU admission and bacteremia in patients suspected of sepsis at the Emergency department. A prospective cohort study

Autoren: Valentino D’Onofrio, Agnes Meersman, Sara Vijgen, Reinoud Cartuyvels, Peter Messiaen, Inge C Gyssens
Veröffentlicht in: Open Forum Infectious Diseases, 2020, ISSN 2328-8957
Herausgeber: Oxford academic
DOI: 10.1093/ofid/ofaa594

PRIMEval: Optimization and screening of multiplex oligonucleotide assays

Autoren: Rick Conzemius, Michaela Hendling, Stephan Pabinger, Ivan Barišić
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-55883-4

Gram-negative bacteria as causative agents of ventilator-associated pneumonia and their respective resistance mechanisms

Autoren: Daniela Bandić-Pavlović, Tajana Zah-Bogović, Marta Žižek, Luka Bielen, Vesna Bratić, Pero Hrabač, Domagoj Slačanac, Slobodan Mihaljević, Branka Bedenić
Veröffentlicht in: Journal of Chemotherapy, Ausgabe 32/7, 2020, Seite(n) 344-358, ISSN 1120-009X
Herausgeber: Maney Publishing
DOI: 10.1080/1120009x.2020.1793594

Emergence of multidrug-resistant Proteus mirabilis in a long-term care facility in Croatia

Autoren: Branka Bedenić, Nataša Firis, Vesna Elveđi-Gašparović, Marija Krilanović, Krešimir Matanović, Iva Štimac, Josefa Luxner, Jasmina Vraneš, Tomislav Meštrović, Gernot Zarfel, Andrea Grisold
Veröffentlicht in: Wiener klinische Wochenschrift, Ausgabe 128/11-12, 2016, Seite(n) 404-413, ISSN 0043-5325
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00508-016-1005-x

Molecular characterization of class b carbapenemases in advanced stage of dissemination and emergence of class d carbapenemases in Enterobacteriaceae from Croatia

Autoren: Branka Bedenić, Sanda Sardelić, Josefa Luxner, Zrinka Bošnjak, Dijana Varda-Brkić, Amarela Lukić-Grlić, Ivana Mareković, Sonja Frančula-Zaninović, Marija Krilanović, Dorotea Šijak, Andrea Grisold, Gernot Zarfel
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 43, 2016, Seite(n) 74-82, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2016.05.011

Oli2go: an automated multiplex oligonucleotide design tool

Autoren: Michaela Hendling, Stephan Pabinger, Konrad Peters, Noa Wolff, Rick Conzemius, Ivan Barišić
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/W1, 2018, Seite(n) W252-W256, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky319

Arrival of carbapenem-hydrolyzing-oxacillinases in Acinetobacter baumannii in Bosnia and Herzegovina

Autoren: Tanja Petrović, Selma Uzunović, Ivan Barišić, Josefa Luxner, Andrea Grisold, Gernot Zarfel, Amir Ibrahimagić, Sanja Jakovac, Domagoj Slaćanac, Branka Bedenić
Veröffentlicht in: Infection, Genetics and Evolution, Ausgabe 58, 2018, Seite(n) 192-198, ISSN 1567-1348
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.meegid.2017.12.021

Epidemic spread of OXA-48 beta-lactamase in Croatia

Autoren: Branka Bedenić, Mia Slade, Lidija Žele Starčević, Sanda Sardelić, Mirna Vranić-Ladavac, Ana Benčić, Vlasta Zujić Atalić, Maja Bogdan, Marina Bubonja-Šonje, Maja Tomić-Paradžik, Tatjana Tot, Amarela Lukić-Grlić, Domagoj Drenjančević, Dijana Varda-Brkić, Daniela Bandić-Pavlović, Slobodan Mihaljević, Gernot Zarfel, Marija Gužvinec, Rick Conzemius, Ivan Barišić, Arjana Tambić-
Veröffentlicht in: Journal of Medical Microbiology, Ausgabe 67/8, 2018, Seite(n) 1031-1041, ISSN 0022-2615
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jmm.0.000777

Boron Doped Diamond as a Low Biofouling Material in Aquatic Environments: Assessment of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Formation

Autoren: Lee J. Simcox, Rui P. A. Pereira, Elizabeth M. H. Wellington, Julie V. Macpherson
Veröffentlicht in: ACS Applied Materials & Interfaces, Ausgabe 11/28, 2019, Seite(n) 25024-25033, ISSN 1944-8244
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsami.9b07245

Differentiating influenza from COVID-19 in patients presenting with suspected sepsis

Autoren: Valentino D’Onofrio, Eveline Van Steenkiste, Agnes Meersman, Luc Waumans, Reinoud Cartuyvels, Karlijn Van Halem, Peter Messiaen, Inge C. Gyssens
Veröffentlicht in: European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 2020, ISSN 0934-9723
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10096-020-04109-x