L'évolution des pathogènes bactériens
De nombreuses bactéries appartenant au groupe des rickettsiales sont des agents causatifs des maladies humaines telles que le typhus et l'ehrlichiose. Comprendre la transition évolutionnaire de ces pathogènes humains découlant d'une bactérie vivante nous permettrait de combattre ces maladies d'une façon plus efficace. C'est dans cet esprit que le projet RICKOCHET (Origin and evolution of host-association and pathogenicity in the Rickettsiales) a été mis en place. RICKOCHET a obtenu un matériel génomique des lignées alphaprotéobactériennes telles que les lignées endosymbiotiques, C36 et EI3 ainsi que trois cellules alphaprotéobactériennes individuelles. O14 et N20 ont été prélevés dans les eaux océaniques des États-Unis tandis que la cellule L4 a été prélevée dans l'eau du lac. Les membres du projet ont utilisé le séquençage de prochaine génération et la génomique à cellule unique pour obtenir des informations sur l'origine et l'évolution de différentes espèces et lignées de rickettsiales. Pour commencer, les chercheurs ont préparé des bibliothèques de séquence et des données de séquences assemblées. Au final, ils ont obtenu des génomes presque complets de C36 et EI3. Pour les cellules aquatiques simples (N20, O14 et L4), ils ont réussi à obtenir des génomes partiels. De nombreuses informations importantes ont été obtenues. Les analyses de C36 et EI3 ont révélé qu'ils comptaient de nombreux gènes impliqués dans les processus hôte-interaction en commun avec les pathogènes humains faisant partie des rickettsiales. Les résultats suggèrent que l'interaction avec les amibes (dans ce cas, l'hôte de C36 et EI3), a facilité l'évolution des pathogènes bactériens intracellulaire. Ces résultats ont été publiés dans deux documents. L'analyse de 50 % du génome L4 a dévoilé qu'il s'agit d'une ramification de la lignée des rickettsiacées. Elle présente des gènes flagellaires et de mode de vie parasitaire. Un lien manquant dans l'émergence des rickettsiacées, une analyse approfondie de cette lignée devrait offrir de nouveaux renseignements. Bien que les génomes O14 et N20 fassent partie du clade alphaprotéobactérien comme les rickettsiales, ils ne présentent aucun signe de mode de vie intracellulaire. Des analyses plus comparatives devraient mettre en lumière les facteurs contribuant à l'émergence du mode de vie intracellulaire dans les rickettsiales. Les résultats de RICKOCHET ont préparé le terrain pour une recherche approfondie sur les changements génétiques qui facilitent la pathogénicité dans les micro-organismes. Les applications comprennent la conception de médicaments, le développement de vaccins et l'ingénierie microbienne.
Mots‑clés
Bactérien, pathogène, Rickettsiales, typhus, génome, endosymbiotique, vaccin
