Utiliser la génomique pour étudier les écosystèmes marins
Malgré de longues recherches actives dans le domaine de la biologie marine, les connaissances sur les organismes marins et le fonctionnement des écosystèmes sont plutôt fragmentées. L'échange d'expertise scientifique et des ressources technologiques est essentiel pour bien comprendre les écosystèmes aquatiques et gérer les ressources marines. Le projet Marine Genomics («Implementation of high-throughput genomic approaches to investigate the functioning of marine ecosystems and the biology of marine organisms») a constitué un réseau d'excellence (RE) européen pour prendre en charge ces aspects. Les partenaires du réseau ont mis plusieurs collaborations en place avec les différents centres de recherche européens dans le but ultime de coordonner des approches génomiques permettant d'étudier les écosystèmes marins, d'intégrer les efforts en matière de recherche et de diffuser les conclusions. Dans un premier temps, le réseau a vérifié si les parties prenantes avaient accès aux plateformes existantes en matière de génomique, de protéomique et de bioinformatique. Grâce au développement d'outils génomiques et protéomiques, le réseau a pu mener des recherches en génomique comparative, fonctionnelle et environnementale. Plus particulièrement, les chercheurs ont étudié les espaces aquatiques, l'évolution et le développement de la biodiversité ainsi que le phytoplancton marin. Celui-ci a permis d'examiner l'impact de la pression environnementale sur la physiologie des populations océaniques naturelles. Pour interpréter les données génomiques, le consortium a établi les techniques moléculaires permettant d'étudier le fonctionnement de certains gènes dans le poisson. Le réseau Marine Genomics a permis le transfert des connaissances sur la préparation des échantillons et l'application des technologies entre les partenaires, une démarche facilitée par la mise en place d'une plateforme bioinformatique. Globalement, le projet Marine Genomics a permis la mise en œuvre d'approches génomiques dans l'étude de la biologie des organismes marins et l'intégration des recherches en Europe. Les résultats des recherches permettent plusieurs applications commerciales, notamment pour la gestion des fermes d'élevage et l'amélioration des espèces d'aquaculture.