Objectif We propose a technology that will sit at the front-end of sequencing pipelines, present and future, and will significantly enhance the quality and throughput of DNA sequencing.Although much attention has been given to throughput/cost of the sequencing process itself, the same cannot be said for the preparation of samples. Identified bottlenecks are (1) sequencing technologies require days of upfront sample preparation which is further increased when sequencing selected parts of the genome; (2) genome assembly relies on computationally intensive comparisons to the reference genome because existing technologies produce short sequence reads; (3) it is difficult to begin with small amounts of sample material comprising micro-biopsies and single cells.The CELL-O-MATIC project will synergize efforts from SMEs, academics and large companies to address these bottlenecks by developing chip-based systems that process DNA from individual cells, ready for next generation high-throughput sequencing.Single cell analysis has numerous applications in systems biology but we will emphasize DNA isolation and sequencing from circulating tumor cells (CTC), which have a strong prognostic value in cancer management.A second innovation will be to develop methods that enable up to whole chromosome lengths of DNA to be contiguously mapped using nanofluidics. The inclusion of nanofluidics makes the project particularly distinctive and introduces European SMEs to an area that so far has been the domain of US companies.A modular prototype comprising, a chip, fluid and thermal control, sonication and optical detection will be developed. Samples prepared using CELL-O-MATIC technology will be benchmarked in a high throughput environment with samples prepared by existing methods. Finally, the information obtained from the CELL-O-MATIC processed sample material will be validated for its utility as an aid to clinical decision making. Champ scientifique natural sciencesbiological sciencesgeneticsDNAmedical and health sciencesclinical medicineoncologynatural sciencesbiological sciencesgeneticschromosomesnatural sciencesbiological sciencesgeneticsgenomes Programme(s) FP7-HEALTH - Specific Programme "Cooperation": Health Thème(s) HEALTH.2011.1.1-1 - SME-targeted research for developing tools and technologies for high-throughput research Appel à propositions FP7-HEALTH-2011-two-stage Voir d’autres projets de cet appel Régime de financement CP-FP - Small or medium-scale focused research project Coordinateur DANMARKS TEKNISKE UNIVERSITET Contribution de l’UE € 1 710 434,56 Adresse ANKER ENGELUNDS VEJ 101 2800 Kongens Lyngby Danemark Voir sur la carte Région Danmark Hovedstaden Københavns omegn Type d’activité Higher or Secondary Education Establishments Contact administratif Majken Lerche Møller (Ms.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée Participants (13) Trier par ordre alphabétique Trier par contribution de l’UE Tout développer Tout réduire THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD Royaume-Uni Contribution de l’UE € 588 183,40 Adresse WELLINGTON SQUARE UNIVERSITY OFFICES OX1 2JD Oxford Voir sur la carte Région South East (England) Berkshire, Buckinghamshire and Oxfordshire Oxfordshire Type d’activité Higher or Secondary Education Establishments Contact administratif Stephen Conway (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée PHILIPS ELECTRONICS NEDERLAND BV Pays-Bas Contribution de l’UE € 273 604,00 Adresse HIGH TECH CAMPUS 52 5656 AG Eindhoven Voir sur la carte Région Zuid-Nederland Noord-Brabant Zuidoost-Noord-Brabant Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Patrick Keur (Mr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée ROCHE DIAGNOSTICS GMBH Participation terminée Allemagne Contribution de l’UE € 12 295,85 Adresse Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim Voir sur la carte Région Baden-Württemberg Karlsruhe Mannheim, Stadtkreis Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Reiner Babiel (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée GENOTYPE2PHENOTYPE LTD Participation terminée Royaume-Uni Contribution de l’UE € 333 382,92 Adresse ST JUDES CHAMBERS 103A MANNINGHAM LANE BD1 3BN BRADFORD Voir sur la carte Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Kalim Mir (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Coût total Aucune donnée DIAGENODE Belgique Contribution de l’UE € 481 730,17 Adresse RUE DU BOIS SAINT JEAN 3 LIEGE PARK SCIENCE 4102 Seraing Voir sur la carte Région Région wallonne Prov. Liège Arr. Liège Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Didier Allaer (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée OXFORD NANOPORE TECHNOLOGIES LTD Participation terminée Royaume-Uni Contribution de l’UE Aucune donnée Adresse ROBERT ROBINSON AVENUE - OXFORD SCIENCE PARK 4 OX4 4GA Oxford Voir sur la carte Région South East (England) Berkshire, Buckinghamshire and Oxfordshire Oxfordshire Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Spike Willcocks (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Coût total Aucune donnée NIL TECHNOLOGY APS Danemark Contribution de l’UE € 526 379,59 Adresse HALDOR TOPSOES ALLE 1 2800 Kongens Lyngby Voir sur la carte Région Danmark Hovedstaden Københavns omegn Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Theodor Kamp Nielsen (Mr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée BIOCOMPUTING PLATFORMS LTD OY Finlande Contribution de l’UE € 278 200,00 Adresse INNOPOLI 3 VAISALANTIE 6 02130 Espoo Voir sur la carte Région Manner-Suomi Helsinki-Uusimaa Helsinki-Uusimaa Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Anita Eliasson (Ms.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée FLUIGENT SA France Contribution de l’UE € 227 237,01 Adresse 57-77 AVENUE DE FONTAINEBLEAU 94270 Le Kremlin-Bicetre Voir sur la carte Région Ile-de-France Ile-de-France Val-de-Marne Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Jérémie Weber (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée FASTERIS SA Suisse Contribution de l’UE € 670 600,00 Adresse CHEMIN DU PONT DU CENTENAIRE 109 1228 PLAN LES OUATES Voir sur la carte Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Laurent Farinelli (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée DNA ELECTRONICS LTD Participation terminée Royaume-Uni Contribution de l’UE Aucune donnée Adresse JOHN STREET 10 WCIN 2EB LONDON Voir sur la carte Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Patrick Stephansen (Mr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée PHILIPS BIOCELL AS Danemark Contribution de l’UE € 681 010,00 Adresse Gydevang 42 3450 ALLEROD Voir sur la carte Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Tommy Berg (Mr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée GENOTYPE2PHENOTYPE LLC États-Unis Contribution de l’UE € 215 730,50 Adresse 30 ELMWOOD AVE 02138 CAMBRIDGE Voir sur la carte Type d’activité Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments) Contact administratif Kalim Mir (Dr.) Liens Contacter l’organisation Opens in new window Site web Opens in new window Coût total Aucune donnée