Tworzenie lepszych modeli sieci biologicznych
Modele matematyczne sieci zyskują coraz większe znaczenie w badaniach biologicznych. Złożona dynamika sieci jest charakterystyczna dla wielu systemów biologicznych, takich jak ekosystemy, koewolucja gatunków oraz sieci molekularne u roślin i zwierząt. Celem finansowanego przez UE projektu "Reconstruction algorithms for biological networks" (BIONETRECON) było opracowanie i przetestowanie algorytmów wspomagających naukowców w rekonstrukcji tych sieci biologicznych. Jest to szczególnie przydatne przy rekonstrukcji drzew ewolucyjnych (filogenez) oraz badaniu współzależności między populacjami pojedynczego gatunku (rodowodów). Na początku projektu skoncentrowano się na sposobach usprawnienia rekonstrukcji drzew filogenetycznych. Naukowcy poczynili postępy w bardziej dokładnym definiowaniu założeń wymaganych do rekonstrukcji tych drzew, zwiększając w ten sposób dokładność rekonstrukcji. Pozostałe prace zespołu BIONETRECON wykazały, że dwa założenia dotyczące filogenetyki, uznawane dotąd za prawdziwe, są ze sobą sprzeczne. W ramach projektu zwiększono również dokładność modelu Monte Carlo z zastosowaniem łańcucha Markowa — powszechnie używanej metody rekonstrukcji filogenetycznej. Naukowcy z zespołu BIONETRECON znacząco przyczynili się do pogłębienia wiedzy na temat rekonstrukcji sieci biologicznych oraz do zwiększenia jej dokładności.
Słowa kluczowe
Sieć biologiczna, modele sieci biologicznych, modele matematyczne, sieci biologiczne, biologia komórki, ewolucja, algorytmy rekonstrukcji, filogenezy, rekonstrukcja filogenetyczna
