Unifikacja infrastruktury badawczej nauk przyrodniczych w Europie
Przełożenie odkryć biomedycznych na nowatorskie metody diagnostyki i leczenia jest często utrudnione przez fragmentację wysiłków badawczych. Nowatorskie projekty badawcze prowadzone w Europie wymagają dostępu do różnorodnych usług i narzędzi naukowych, w tym do próbek z biobanków, urządzeń do obrazowania, ośrodków molekularnych badań przesiewowych lub modeli zwierzęcych.
Europejskie infrastruktury badawcze skrojone na jedną miarę
Aby wesprzeć wysiłki badawcze prowadzone w całej Europie, w ramach finansowanej przez UE inicjatywy CORBEL połączono w ramach jednej platformy 13 nowych infrastruktur badawczych o charakterze biologicznym i medycznym. „Inicjatywa CORBEL daje dostęp do połączonych możliwości infrastrukturalnych różnych instytucji europejskich i pozwala uruchomić w ich obrębie pełen proces naukowy – od planowania i ubiegania się o granty po eksperymenty i zarządzanie danymi”, wyjaśnia Niklas Blomberg, koordynator projektu. Platforma CORBEL oferuje najnowocześniejsze usługi, w tym zaawansowane technologie obrazowania, wysokowydajne badania przesiewowe, dostęp do osiągnięć biologii systemowej, narzędzi modelowania trójwymiarowego, repozytoriów danych i biobanków. Korzystając z tego zunifikowanego systemu, naukowcy przeprowadzili analizy wielu zjawisk zachodzących w komórkach – w tym przemian komórkowych i rozwojowych zachodzących w sieciach regulatorowych genów, biologii komórek macierzystych i starzenia – na modelach wykorzystujących organizmy morskie. Oprócz możliwości użycia modeli wykorzystujących zwierzęta morskie i związanych z nimi danych projekt CORBEL zapewnił uczonym dostęp do danych z obrazowania o wysokiej rozdzielczości, modeli obliczeniowych i wyników badań toksykologicznych. W ramach inicjatywy CORBEL ogłoszono dwa otwarte zaproszenia do składania propozycji projektów badawczych. W ten sposób inicjatywa ma przyczyniać się do zaspokojenia potrzeby prowadzenia zaawansowanych badań technologicznych i naukowych, jaka dominuje w całej Europie. Ocenie poddano ponad 50 wniosków projektowych. Zwracano uwagę na dostęp do infrastruktury badawczej, co ostatecznie pozwoliło dopuścić do realizacji 37 projektów interdyscyplinarnych. Wybrani kandydaci zyskali bezpłatny dostęp do najnowocześniejszych technologii i usług oraz, w razie potrzeby, pokrycie kosztów podróży do instytutów partnerskich.
Wspólne zarządzanie – klucz do świadczenia usług infrastrukturalnych
„Wspieranie wspólnego zarządzania projektami ma zasadnicze znaczenie, gdy chodzi o zapewnianie dostępu użytkownikom do zaawansowanej infrastruktury z różnych dziedzin”, podkreśla Susan Daenke, przewodnicząca Rady Strategicznej ds. Nauk Przyrodniczych. W ramach inicjatywy CORBEL udało się zharmonizować pewne rozwiązania i zapewnić użytkownikom dostęp do usług obliczeniowych za pomocą pojedynczego logowania. Umieszczenie połączonych zasobów infrastrukturalnych w jednym procesie realizacji prac badawczych tworzy rozbudowane możliwości prowadzenia badań. Portal zasobów jest stale aktualizowany, co dotyczy również wytycznych i zaleceń, które umożliwiają użytkownikom zarządzanie danymi w różnych domenach. Co istotne, zalecenia te zostały wykorzystane przez podmioty zewnętrzne, takie jak ERBN, a także doczekały się niedawnej publikacji w wytycznych Komisji Europejskiej dotyczących badań nad COVID-19. Inicjatywa CORBEL może świadczyć usługi infrastrukturalne dzięki rekrutacji i szkoleniu wysoko wykwalifikowanych operatorów. W tym kontekście konsorcjum określiło wspólne ramy kompetencji dla operatorów infrastruktury badawczej, w tym wskazało przydatne kursy i zasoby e-szkoleń, a także programy wymiany personelu.
Co dalej? Utrzymanie infrastruktury CORBEL
Według Blomberga w przypadku „kilku projektów bez interdyscyplinarnych zaproszeń ze strony inicjatywy CORBEL dostępne usługi i możliwość skorzystania z nich pozostałyby niezauważone”. Dając naukowcom dostęp do usług i narzędzi niedostępnych w ich rodzimych placówkach, inicjatywa CORBEL przyczynia się do zrozumienia nowych mechanizmów biologicznych i przełożenia wyników badań na praktyczne rozwiązania w zakresie służby zdrowia. Infrastruktury badawcze wchodzące w skład inicjatywy CORBEL uruchomiły niedawno wspólny portal internetowy, który będzie finansowany przez instytuty biorące udział w inicjatywie i zarządzany przez BBMRI-ERIC. Na portalu będzie można znaleźć niektóre ze wspólnych usług opracowanych w ramach inicjatywy CORBEL. Prace inicjatywy CORBEL będą kontynuowane w ramach projektu EOSC-Life finansowanego z programu H2020, który zajmie się kwestiami dotyczącymi udostępniania danych, powstałymi podczas działania inicjatywy. Jednym z celów projektu EOSC-Life jest dostarczenie rozwiązań do akwizycji i analizy danych multimodalnych w projektach, które często wymagają podejścia indywidualnego.
Słowa kluczowe
CORBEL, usługa, infrastruktura badawcza, platforma, próbka, zarządzanie danymi, badania biomedyczne, nauki przyrodnicze
