Atlas czynnościowy genomu myszy
Odkodowanie genomu człowieka i myszy ujawniło około 20 000 kodujących białka genów wśród licznych, niekodujących obszarów regulatorowych. Aby uzyskać czynnościowy opisu genomu, wprowadza się mutacje do tych genów i bada ich skutki w modelowych ssakach, na przykład myszach. W 2007 roku ogólnoświatowa inicjatywa mutagenetyczna, Międzynarodowe Konsorcjum Myszy Knockout (IKMC), postawiła sobie za cel zmutowanie praktycznie wszystkich mysich genów kodujących białka, aby móc szybciej opisywać czynnościowo genom. Uczestnicy finansowanego przez UE projektu EUCOMMTOOLS (EUCOMM: Tools for functional annotation of the mouse genome) są bliscy uzyskania wszystkich mutacji z zasobów IKMC. Nowo opracowane narzędzia do warunkowej mutagenezy obejmują innowacyjną, celowaną strategię dopasowaną do genów o pojedynczym egzonie oraz wydajny, celowany system edycji genomu, umożliwiający uzyskanie złożonych alleli warunkowych. Opracowano też innowacyjne, uniwersalne narzędzia genetyczne do ektopowej ekspresji genów, znakowania fluorescencyjnego białek i ablacji komórek. Są już one dostępne dla społeczności naukowej. Badacze z projektu EUCOMMTOOLS wyhodowali kolejnych 3500 warunkowo celowanych linii ESC i 223 nowych linii napędzających rekombinację, w których dochodzi do indukowanej ekspresji rekombinazy Cre. Finansowane przez UE programy EUCOMM i EUCOMMTOOLS łącznie pozwoliły uzyskać około 13000 linii ESC z mutacjami warunkowymi. Stanowi to ogromną większość mutacji warunkowych wśród zasobów IKMC. Ważnym aspektem jest dostarczanie wyników międzynarodowej społeczności naukowej. Do tej pory dostarczono ponad 12 000 zmutowanych klonów ESC i 1000 celowanych wektorów genowych w ramach Europejskiego Repozytorium Komórek Myszy z Mutacjami, będącego jednostką dystrybucyjną. Korzystając z zasobów EUCOMM/EUCOMMTOOLS/IKMC, Międzynarodowe Konsorcjum Fenotypowania Myszy wyhodowało ponad 5000 myszy z mutacjami i określiło zmiany w ich fenotypach. Prace projektu EUCOMMTOOLS przełożyły się na postępy w opisywaniu funkcji genów, technologii inżynierii genetycznej ssaków, a zwłaszcza mutagenezie warunkowej. Oczekuje się, że wyniki projektu zwiększą wiedzę o mechanizmach chorób, co jest niezbędne do opracowywania interwencji terapeutycznych. Owocem współpracy badawczej będzie ukończona i w pełni dostępna biblioteka zasobów mutacji dla każdego genu myszy.
Słowa kluczowe
Genom myszy, kodujący białka, opis czynnościowy, mutacje, KMC, linie napędzające rekombinację, zarodkowe komórki macierzyste
