Laying the Biological, Computational and Architectural Foundations for Human Cell Lineage Discovery

Projektinformationen

LineageDiscovery

ID Finanzhilfevereinbarung: 670535

DOI 10.3030/670535

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 7 August 2015

Startdatum 1 September 2015

Enddatum 31 Januar 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 2 250 000,00

EU-Beitrag € 2 250 000,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (9)

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Autoren: Ofir Raz, Liming Tao, Tamir Biezuner, Tzipy Marx, Yaara Neumeier, Narek Tumanyan, Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform

Autoren: Tamir Biezuner, Adam Spiro, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Yael Fried, Elena Ainbinder, Galit Cohen, Haim M. Barr, Ruth Halaban, Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 26/11, 2016, Seite(n) 1588-1599, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.202903.115

eSTGt: a programming and simulation environment for population dynamics

Autoren: Adam Spiro, Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 17/1, 2016, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-016-1004-y

Erratum to: eSTGt: a programming and simulation environment for population dynamics

Autoren: Spiro, Adam; Shapiro, Ehud
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 1, 2016, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-016-1155-x

Accuracy of Answers to Cell Lineage Questions Depends on Single-Cell Genomics Data Quality and Quantity

Autoren: Adam Spiro; Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: PLoS Computational Biology, Ausgabe 1, 2016, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004983

On the journey from nematode to human, scientists dive by the zebrafish cell lineage tree

Autoren: Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 19/1, 2018, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BMC
DOI: 10.1186/s13059-018-1453-x

Short tandem repeat stutter model inferred from direct measurement of in vitro stutter noise

Autoren: Ofir Raz, Tamir Biezuner, Adam Spiro, Shiran Amir, Lilach Milo, Alon Titelman, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Liming Tao, Tzipy Marx, Uriel Feige, Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/5, 2019, Seite(n) 2436-2445, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky1318

Benchmarked approaches for reconstruction of in vitro cell lineages and in silico models of C. elegans and M. musculus developmental trees

Autoren: W Gong, AA Granados, J Hu, MG Jones, O Raz, I Salvador-Martínez,…Ehud Shapiro, MichaelB.Elowitz, Pablo Meyer
Veröffentlicht in: Cell Systems, 2021, ISSN 2405-4712
Herausgeber: CellPress
DOI: 10.1016/j.cels.2021.05.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Autoren: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Barak Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Warner-Klein, Christoph A. Klein, Ehud Shapiro
Veröffentlicht in: Cell reports methods, 2021, ISSN 2667-2375
Herausgeber: CellPress
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054