Laying the Biological, Computational and Architectural Foundations for Human Cell Lineage Discovery

Informations projet

LineageDiscovery

N° de convention de subvention: 670535

DOI 10.3030/670535

Projet clôturé

Date de signature de la CE 7 Août 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Janvier 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 2 250 000,00

Contribution de l’UE € 2 250 000,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

Publications

Peer reviewed articles (9)

Whole-Genome Amplification—Surveying Yield, Reproducibility, and Heterozygous Balance, Reported by STR-Targeting MIPs

Auteurs: Ofir Raz, Liming Tao, Tamir Biezuner, Tzipy Marx, Yaara Neumeier, Narek Tumanyan, Ehud Shapiro
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23116161

A generic, cost-effective, and scalable cell lineage analysis platform

Auteurs: Tamir Biezuner, Adam Spiro, Ofir Raz, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Yael Fried, Elena Ainbinder, Galit Cohen, Haim M. Barr, Ruth Halaban, Ehud Shapiro
Publié dans: Genome Research, Numéro 26/11, 2016, Page(s) 1588-1599, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.202903.115

eSTGt: a programming and simulation environment for population dynamics

Auteurs: Adam Spiro, Ehud Shapiro
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 17/1, 2016, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-016-1004-y

Erratum to: eSTGt: a programming and simulation environment for population dynamics

Auteurs: Spiro, Adam; Shapiro, Ehud
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 1, 2016, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-016-1155-x

Accuracy of Answers to Cell Lineage Questions Depends on Single-Cell Genomics Data Quality and Quantity

Auteurs: Adam Spiro; Ehud Shapiro
Publié dans: PLoS Computational Biology, Numéro 1, 2016, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004983

On the journey from nematode to human, scientists dive by the zebrafish cell lineage tree

Auteurs: Ehud Shapiro
Publié dans: Genome Biology, Numéro 19/1, 2018, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13059-018-1453-x

Short tandem repeat stutter model inferred from direct measurement of in vitro stutter noise

Auteurs: Ofir Raz, Tamir Biezuner, Adam Spiro, Shiran Amir, Lilach Milo, Alon Titelman, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Liming Tao, Tzipy Marx, Uriel Feige, Ehud Shapiro
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/5, 2019, Page(s) 2436-2445, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky1318

Benchmarked approaches for reconstruction of in vitro cell lineages and in silico models of C. elegans and M. musculus developmental trees

Auteurs: W Gong, AA Granados, J Hu, MG Jones, O Raz, I Salvador-Martínez,…Ehud Shapiro, MichaelB.Elowitz, Pablo Meyer
Publié dans: Cell Systems, 2021, ISSN 2405-4712
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1016/j.cels.2021.05.008

Retrospective cell lineage reconstruction in humans by using short tandem repeats

Auteurs: Liming Tao, Ofir Raz, Zipora Marx, Manjusha S Ghosh, Sandra Huber, Julia Greindl-Junghans, Tamir Biezuner, Shiran Amir, Lilach Milo, Rivka Adar, Ron Levy, Amos Onn, Noa Chapal-Ilani, Veronika Berman, Asaf Ben Arie, Guy Rom, Barak Oron, Ruth Halaban, Zbigniew T.Czyz, Melanie Warner-Klein, Christoph A. Klein, Ehud Shapiro
Publié dans: Cell reports methods, 2021, ISSN 2667-2375
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1016/j.crmeth.2021.100054