Nanoscale live-cell activity sensing using smart probes and imaging

Publications

Structure–Function Dataset Reveals Environment Effects within a Fluorescent Protein Model System**

Auteurs: Elke De Zitter, Siewert Hugelier, Sam Duwé, Wim Vandenberg, Alison G. Tebo, Luc Van Meervelt, Peter Dedecker
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 60/18, 2021, Page(s) 10073-10081, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202015201

Design of experiments for the optimization of SOFI super-resolution microscopy imaging

Auteurs: Dario Cevoli, Raffaele Vitale, Wim Vandenberg, Siewert Hugelier, Robin Van den Eynde, Peter Dedecker, Cyril Ruckebusch
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 12/5, 2021, Page(s) 2617, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.421168

Fluorophore unmixing based on bleaching and recovery kinetics using MCR-ALS.

Auteurs: Siewert Hugelier; R Van den Eynde; Wim Vandenberg; Wim Vandenberg; Peter Dedecker
Publié dans: Talanta, Numéro 2, 2021, ISSN 1873-3573
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.talanta.2021.122117

Absolute measurement of cellular activities using photochromic single-fluorophore biosensors and intermittent quantification

Auteurs: Franziska Bierbuesse,Anaïs C Bourges,Vincent Gielen,Viola Mönkemöller,Wim Vandenberg,Yi Shen,Johan Hofkens,Pieter Vanden Berghe,Robert E Campbell,Benjamien Moeyaert,Peter Dedecker
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29508-w

Spectrally Tunable Förster Resonance Energy Transfer-Based Biosensors Using Organic Dye Grafting

Auteurs: Marco Dalla Vecchia; Amandine Conte-Daban; Benjamin Cappe; Wim Vandenberg; Peter Vandenabeele; Franck B. Riquet; Peter Dedecker
Publié dans: ACS Sensors, Numéro 3, 2022, ISSN 2379-3694
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/acssensors.2c00066

Self-contained and modular structured illumination microscope

Auteurs: Robin Van den Eynde, Wim Vandenberg, Siewert Hugelier, Arno Bouwens, Johan Hofkens, Marcel Müller, Peter Dedecker
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 12/7, 2021, Page(s) 4414, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.423492

Orthogonal fluorescent chemogenetic reporters for multicolor imaging

Auteurs: Alison G. Tebo; Benjamien Moeyaert; Marion Thauvin; Marion Thauvin; Irene Carlon-Andres; Dorothea Böken; Michel Volovitch; Michel Volovitch; Sergi Padilla-Parra; Sergi Padilla-Parra; Peter Dedecker; Sophie Vriz; Sophie Vriz; Arnaud Gautier; Arnaud Gautier
Publié dans: ISSN: 1552-4450, Numéro 15524450, 2020, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.04.04.022111

Model-free pixelation correction in SOFI imaging

Auteurs: Franziska Bierbuesse; Vincent Gielen; Wim Vandenberg; Peter Dedecker
Publié dans: OSA Continuum, Numéro 25787519, 2021, ISSN 2578-7519
Éditeur: OSA
DOI: 10.1364/osac.413107

Super-resolution imaging goes fast and deep

Auteurs: Sam Duwé, Peter Dedecker
Publié dans: Nature Methods, Numéro 14/11, 2017, Page(s) 1042-1044, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4484

Correcting for photodestruction in super-resolution optical fluctuation imaging

Auteurs: Yves Peeters, Wim Vandenberg, Sam Duwé, Arno Bouwens, Tomáš Lukeš, Cyril Ruckebusch, Theo Lasser, Peter Dedecker
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-09666-4

Reduced Fluorescent Protein Switching Fatigue by Binding-Induced Emissive State Stabilization

Auteurs: Thijs Roebroek, Sam Duwé, Wim Vandenberg, Peter Dedecker
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 18/9, 2017, Page(s) 2015, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms18092015

Live-cell monochromatic dual-label sub-diffraction microscopy by mt-pcSOFI

Auteurs: S. Duwé, W. Vandenberg, P. Dedecker
Publié dans: Chemical Communications, Numéro 53/53, 2017, Page(s) 7242-7245, ISSN 1359-7345
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c7cc02344h

Efficient switching of mCherry fluorescence using chemical caging

Auteurs: Bas M. C. Cloin, Elke De Zitter, Desiree Salas, Vincent Gielen, Gert E. Folkers, Marina Mikhaylova, Maike Bergeler, Bartosz Krajnik, Jeremy Harvey, Casper C. Hoogenraad, Luc Van Meervelt, Peter Dedecker, Lukas C. Kapitein
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 114/27, 2017, Page(s) 7013-7018, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1617280114

Effect of probe diffusion on the SOFI imaging accuracy

Auteurs: Wim Vandenberg, Peter Dedecker
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep44665

An extended quantitative model for super-resolution optical fluctuation imaging (SOFI)

Auteurs: Wim Vandenberg, Marcel Leutenegger, Sam Duwé, Peter Dedecker
Publié dans: Optics Express, Numéro 27/18, 2019, Page(s) 25749, ISSN 1094-4087
Éditeur: Optical Society of America
DOI: 10.1364/oe.27.025749

Mechanistic investigation of mEos4b reveals a strategy to reduce track interruptions in sptPALM

Auteurs: Elke De Zitter, Daniel Thédié, Viola Mönkemöller, Siewert Hugelier, Joël Beaudouin, Virgile Adam, Martin Byrdin, Luc Van Meervelt, Peter Dedecker, Dominique Bourgeois
Publié dans: Nature Methods, Numéro 16/8, 2019, Page(s) 707-710, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-019-0462-3

Spatio-temporal correlation super-resolution optical fluctuation imaging

Auteurs: A. Purohit, W. Vandenberg, T. Dertinger, D. Wöll, P. Dedecker, J. Enderlein
Publié dans: EPL (Europhysics Letters), Numéro 125/2, 2019, Page(s) 20005, ISSN 1286-4854
Éditeur: IOP Publishing
DOI: 10.1209/0295-5075/125/20005

Quantitative comparison of camera technologies for cost-effective super-resolution optical fluctuation imaging (SOFI)

Auteurs: Robin Van den Eynde, Alice Sandmeyer, Wim Vandenberg, Sam Duwé, Wolfgang Hübner, Thomas Huser, Peter Dedecker, Marcel Müller
Publié dans: Journal of Physics: Photonics, Numéro 1/4, 2019, Page(s) 044001, ISSN 2515-7647
Éditeur: IOP Science
DOI: 10.1088/2515-7647/ab36ae

Optimizing the fluorescent protein toolbox and its use

Auteurs: Sam Duwé, Peter Dedecker
Publié dans: Current Opinion in Biotechnology, Numéro 58, 2019, Page(s) 183-191, ISSN 0958-1669
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2019.04.006

Presenting a codon-optimized palette of fluorescent proteins for use in Candida albicans

Auteurs: Wouter Van Genechten, Liesbeth Demuyser, Peter Dedecker, Patrick Van Dijck
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-63308-w

SOFIevaluator: a strategy for the quantitative quality assessment of SOFI data

Auteurs: Benjamien Moeyaert, Wim Vandenberg, Peter Dedecker
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 11/2, 2020, Page(s) 636, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.382278

Quantitative Model for Reversibly Photoswitchable Sensors

Auteurs: Adelizzi, Beatrice; Gielen, Vincent; Le Saux, Thomas; Dedecker, Peter; Jullien, Ludovic
Publié dans: "ACS Sensors, American Chemical Society, 2021, ⟨10.1021/acssensors.0c02414⟩", Numéro 3, 2021, ISSN 2379-3694
Éditeur: ACS

Smoothness correction for better SOFI imaging.

Auteurs: Siewert Hugelier; Wim Vandenberg; Tomas Lukes; Kristin S. Grußmayer; Kristin S. Grußmayer; Paul H. C. Eilers; Peter Dedecker; Cyril Ruckebusch
Publié dans: Scientific Reports, Vol 11, Iss 1, Pp 1-9 (2021), Numéro 11, 2021, Page(s) 1, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-87164-4

Quantitative Model for Reversibly Photoswitchable Sensors.

Auteurs: Beatrice Adelizzi; Vincent Gielen; Thomas Le Saux; Peter Dedecker; Ludovic Jullien
Publié dans: ACS Sensors, Numéro 23793694, 2021, ISSN 2379-3694
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssensors.0c02414

Simultaneous readout of multiple FRET pairs using photochromism

Auteurs: Thijs Roebroek, Wim Vandenberg, François Sipieter, Siewert Hugelier, Christophe Stove, Jin Zhang, Peter Dedecker
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22043-0

Separation of spectrally overlapping fluorophores using intra-exposure excitation modulation

Auteurs: Hana Valenta; Siewert Hugelier; Sam Duwé; Giulia Lo Gerfo; Marcel Müller; Peter Dedecker; Wim Vandenberg
Publié dans: Biophysical Reports, Numéro 26670747, 2021, ISSN 2667-0747
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100026

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