Una nueva era en el análisis de los datos ómicos
Gracias a los avances en tecnologías de alto rendimiento, es posible controlar diferentes moléculas biológicas a nivel genómico, transcriptómico y de regulación. Estos análisis conducen a la sobrecarga de datos que deben almacenarse y analizarse con métodos informáticos. Se pretende combinar los datos de diferentes tecnologías ómicas para obtener una descripción más completa de la expresión génica, la abundancia de proteínas o diferentes procesos intracelulares. El principal objetivo del proyecto financiado por la Unión Europea KEPAMOD (Knowledge exchange in processing and analysis of multi-omic data) fue integrar los datos multiómicos. Para ello, se intercambió el personal de investigadores jóvenes y experimentados entre los diferentes institutos de investigación con el fin de obtener conocimiento sobre el análisis de los datos tecnológicos ómicos. El objetivo fue comprender las técnicas y metodologías de genómica funcional y proteómica. Los investigadores utilizaron el canal de la acuaporina 2 (AQP2) como modelo de proteína para el análisis proteómico. Además de la función que desempeña en la homeostasis del agua en mamíferos, la proteína AQP2 sirve para fijar a las integrinas y promover la migración y morfogénesis de las células epiteliales. Se aisló, purificó y preparó AQP2 para el análisis de espectrometría de masas. Además, los científicos adquirieron habilidades y formación bioinformática para el análisis de los datos de secuenciación del ARN. Gracias a un trabajo de colaboración con China, definieron que el principal inconveniente asociado a las técnicas de integración de datos multiómicos actuales es que se basan en muchos pasos manuales para convertir los datos. En vistas de ello, desarrollaron una aplicación que permite transferir datos multiómicos al software de simulación de las redes de interacción molecular. La introducción de un paso automatizado redujo el error inmediatamente, tal como se observó tras realizar pruebas completas en redes simples y grandes. Las técnicas de integración de datos multiómicos de KEPAMOD se aplicaron para comprender el fenómeno de mecanotransducción, y relacionarlas con tratamientos manuales como la acupuntura, una opción terapéutica utilizada en la artritis reumatoide. Se analizaron los diferentes grupos de datos de origen bioquímico heterogéneo con el fin de describir la red molecular asociada a la artritis reumatoide e identificar nuevos blancos de acción terapéutica.
Palabras clave
Ómica, análisis de datos, genómica, transcriptómica, datos multiómicos, acuaporina 2, artritis reumatoide
