L'analyse de l'arbre génétique des lions
Une meilleure compréhension de l'évolution des lions et des relations entre les différentes populations est de fait nécessaire pour gérer efficacement leur diversité naturelle. C'est pourquoi l'initiative SIMBA («Search for innate markers of Barbary affinity») a construit une librairie génomique à partir de l'ADN provenant de populations éteintes ou en voie d'extinction. Les partenaires du projet ont analysé plus de 100 échantillons de populations rares et éteintes provenant de musées ou de zoos et d'échantillons prélevés sur des lions modernes (Panthera leo). Après plusieurs tests préliminaires, soixante-quinze d'entre eux ont été jugés suffisamment bien conservés pour obtenir une librairie génomique de haute qualité. Ces librairies ont ensuite pu être amplifiées, annotées et séquencées pour générer des séquences d'ADN mitochondrial (mitogénome). Ces données préliminaires ont permis d'assembler le génome mitochondrial complet de spécimens provenant d'Afrique du Nord, du Cap, du Gabon, d'Iran, du Sénégal ou du Soudan. Les chercheurs ont également utilisé les meilleures librairies pour obtenir l'ADN nucléaire de lions provenant des zones naturelles principales de P. leo. Ils ont ainsi obtenu l'ADN de populations éteintes d'Afrique du Nord, d'Iran, du Cap et du lion des cavernes vivant à l'ère du Pléistocène. Ces résultats comprennent le génome mitochondrial complet d'un lion des cavernes (Panthera spelaea) et se sont particulièrement concentrés sur la phylogénétique du genre Panthera. La phylogénétique est utilisée pour l'étude des relations évolutives entre les espèces et les différentes populations. Le génome mitochondrial a ainsi permis d'analyser l'évolution au sein des espèces de la famille. Cette étude a en effet débouché sur l'identification de variations de séquences d'ADN très utiles que l'on appelle polymorphismes nucléotidiques simples (SNP) qui permettent de séparer les populations régionales de lions comme le lion de Barbarie (lion de l'Atlas). Les résultats du projet ont suscité de nombreuses discussions dans les milieux dédiés à la conservation des lions. Ils ont ainsi débouché sur une collaboration avec le Groupe de travail dédié au Lion Africain et à la signature d'une pétition de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). L'objectif étant d'obtenir une protection spéciale pour certaines populations régionales de lions.
Mots‑clés
Extinction, sous-espèces, lions, Barbarie, génome mitochondrial