Percer le silence des gènes
Le silençage de gènes après la transcription implique l'activation des complexes de silençage par ARN (RISC). Les RISC possèdent un noyau central de protéines d'argonaute (AGO) liées à des petits ARN (pARN) à brins uniques. Les RISC ciblent les pARN adéquats et les inactivent par clivage ou épissage. Financé par l'UE, le projet TIPTGSVSR (Biochemical characterization of RNA silencing mechanisms and their alteration by viral proteins in plant cell-free systems) s'est penché sur ces mécanismes moléculaires. En utilisant un système sans cellule récemment développé s'appuyant sur les protoplastes BY-2 (BYL) de tabac, ils ont découvert des détails intéressants sur les systèmes de défense végétale. Les chercheurs ont comparé l'activité d'AGO10 à celle d'AGO1 dans la répression translationnelle (RT). Une optimisation des conditions expérimentales permettrait une amélioration de l'évaluation de l'activité de RT pour différentes protéines AGO. Plusieurs virus ont développé des mécanismes permettant d'éviter le silençage. Pour lutter contre les réponses antivirales induites par l'ARN, de nombreux virus encodent des suppresseurs viraux de silençage d'ARN (VSR) pour faciliter leur réplication. Les chercheurs du projet ont utilisé une sélection de virus dont le virus de pli de navet (TCV, turnip crinkle virus) pour identifier les cibles moléculaires et les modes d'action des VSR. Les résultats de recherche indiquent que la charge des RISC est l'une des étapes importantes ciblées par les VSR. L'équipe a également développé un système d'essai quantitatif pour analyser le découpage et sa désactivation par les VSR. La protéine P38 de la capside du TCV a démontré une activité unique contre le découpage ainsi qu'une charge d'inhibition de RISC. Le dépistage par mutagenèse a identifié des résidus d'arginine comme étant essentiels à l'inhibition de la charge des RISC par P38. Dans l'inhibition du découpage, les analyses d'affinité ont montré que P38 interagit directement avec l'ARN à doubles brins dans les BYL. Étant donné que le mécanisme est essentiel au succès viral et à la destruction des cultures, les chercheurs se sont penchés sur les systèmes moléculaires impliqués avec P38. Ils ont découvert que cette dernière interagit aussi avec le pARN et qu'il s'agissait d'une partie essentielle à la défense virale. D'autres études sur l'action et les interactions de P38 sont recommandées par le projet TIPTGSVSR. Plus particulièrement, les technologies d'analyse comme la spectrométrie de masse pourraient servir à combler les lacunes de connaissances en complément aux approches génétiques traditionnelles. D'autres études pour élucider les secrets d'autres virus agricoles pourraient renforcer la sécurité alimentaire et minimiser les pertes économiques résultantes dans tous les domaines de l'agriculture.
Mots‑clés
Désactivation génétique, post-transcriptionnel, complexes de désactivation par ARN, pARN, P38
