Les profils protéomiques des modifications de protéines
Les génomes eucaryotes dans les noyaux cellulaires sont 40 000 fois plus courts que celui d'une molécule non compactée, grâce aux histones. Le cœur et les longues extrémités des molécules d'histones peuvent se modifier par covalence à plusieurs endroits. Les modifications post-traductionnelles (MPT) d'histones agissent dans des processus différents comme la régulation des gènes, la réparation de l'ADN, la mitose et la méiose. La MPT des histones inclue la méthylation, l'acétylation, la phosphorylation, l'ubiquitination et la lipidation. L'application de la protéomique chimique a entraîné des renseignements sans précédent sur la chimie et la biologie de la MPT. L'objectif du projet CHEMPROT-HLMS (Chemical proteomics for universal profiling of histone lysine malonylation and succinylation), financé par l'UE, était de développer des approches chimiques pour l'analyse de la lipidation (à savoir la myristoylation et la prénylation) impliquées dans la MPT. Les chercheurs ont développé une nouvelle sonde YnMyr (un analogue d'alcyne de l'acide myristique) pour l'identification par protéomique chimique des protéines N-myristoylées. Des expériences de protéomique quantitative à grande échelle ont été effectuées en utilisant différentes lignées cellulaires. Les cellules ont été analysées dans des conditions normales et après l'induction de l'apoptose (mort cellulaire). L'analyse des données protéomiques a démontré d'importantes différences dans l'activité de myristoylation de novo dans les protéomes des cellules apoptiques. De plus, de nouvelles sondes de prénylation ont été développées pour l'analyse de MPT dans des cellules vivantes. L'application de ces sondes a permis la quantification de la modification dans les protéines individuelles en réponse à l'inhibition des différentes prényl-transférases. Le développement pharmacologique actuel intègre la découverte de médicament à la biologie des systèmes. Ainsi, les nouvelles méthodes développées par CHEMPROT-HLMS devraient aider à détecter les médicaments candidats dans les réseaux biologiques.
Mots‑clés
Protéomique, modifications post-traductionnelles de l'histone, CHEMPROT-HLMS, myristoylation, prénylation
