Des chercheurs de l'UE reconstituent le puzzle du génome humain à l'aide de la levure
Avec la levure pour modèle, une équipe de chercheurs espagnole a réalisé des prédictions sur la manière dont les individus diffèrent les uns des autres en analysant leurs séquences génomiques. Leur étude a bénéficié d'une subvention de démarrage du Conseil européen de la recherche (CER) d'une valeur de 1,1 million d'euros au titre du septième programme-cadre (7e PC). Dans l'article publié dans la revue Nature Genetics, les chercheurs ont mis en évidence le fait que leurs résultats ont d'importantes implications pour la médecine personnalisée. Si les chercheurs parviennent à mieux comprendre les gènes importants pour un processus particulier, il sera plus facile de réaliser des prévisions précises sur la composition biologique d'une personne. Nous sommes tous composés de plus de 20 000 gènes, et en chacun de nous, des milliers de gènes portent des mutations. Les scientifiques ignorent ce qui se passe lorsque la majorité des gènes humains sont modifiés, ce qui signifie qu'ils ne sont pas en mesure de réaliser des prévisions sur la santé en fonction de la séquence génomique. En pratique, cela signifie que pour la plupart des maladies humaines, les gènes pertinents sont inconnus. Par conséquent, un scientifique ne peut déterminer si un individu développera une maladie donnée en fonction de sa séquence d'ADN. Pour faire face à ce problème et évaluer s'il est possible de réaliser des prévisions utiles sur la biologie individuelle, les chercheurs espagnols ont mené des tests sur la levure, une espèce communément utilisée en tant qu'organisme modèle par les chercheurs du monde entier. «Le point principal est que l'organisme modèle nous permette de tester la précision de nos prévisions. Nous avons une meilleure idée des gènes pertinents pour chaque processus, et nous pouvons ainsi tester si nous établissons les bonnes prévisions sur la biologie des individus, comme la possibilité qu'ils soient affectés par un médicament», explique l'un des auteurs, Ben Lehner du Centre de régulation génomique (CRG) de Barcelona, en Espagne. «Dans la levure, nous pouvons réaliser des prévisions et utiliser également un grand nombre d'expériences rapides et peu chères pour tester la véracité de ces prévisions. Il est très important de pouvoir tester de manière expérimentale la façon dont les méthodes de prévision fonctionnent réellement.» L'équipe a évalué les prévisions sur les phénotypes de 19 variétés de levure. Le premier défi pour l'équipe espagnole était de déterminer quels étaient les gènes mutés parmi les 3000 gènes que compte chaque organisme. Ils ont ensuite du prédire si chaque individu présenterait une anomalie pour un phénotype particulier telle que la croissance sous différentes conditions. Les résultats de l'étude montrent qu'il existe deux conditions nécessaires pour pouvoir faire ses prévisions: une bonne connaissance des gènes pertinents à un phénotype, et que les expériences soient réalisées sur des individus dans des conditions contrôlées pour évaluer la précision des prévisions. Comme cela est difficile pour l'être humain en raison des nombreuses variables impliquées, et le fait que la majorité des gènes affectant des phénotypes et maladies spécifiques soient encore non identifiés, l'équipe souligne l'importance d'études supplémentaires sur de simples organismes modèles comme la levure. «La chose la plus importante est de posséder les connaissances sur les gènes pertinents à un phénotype particulier. Ce n'est pas impossible de prédire avec précision si nous ne connaissons qu'un sous-ensemble de gènes importants», commente un autre auteur de l'étude, Rob Jelier, également de l'institution espagnole. «Toutefois, nous avons découvert que lorsque nous connaissons suffisamment bien la fonction d'un gène, des prévisions précises sont possibles en utilisant un modèle relativement simple. Nous avons donc l'espoir pour une médecine prévisible et personnalisée applicable à l'homme.»Pour de plus amples informations, consulter: European Molecular Biology Laboratory - Centre for Genomic Regulation (EMBL-CRG): http://pasteur.crg.es/portal/page/portal/Internet/
Pays
Espagne